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Genomic surveillance of dengue virus in Benin: A tool of public health decisions<\/strong>, Anges YADOULETON, LFHV\/IRCB, B\u00e9nin Genomic surveillance of dengue virus in Benin: A tool of public health decisions, Anges YADOULETON, LFHV\/IRCB, B\u00e9nin Dengue is a viral infection transmitted from mosquitoes to humans and more common in tropical and subtropical climates. In Benin, a West African country, the presence of Dengue virus type 3 in mosquito vectors has been reported, showing […]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[78],"tags":[],"pays":[],"thematique":[],"class_list":["post-3383","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-colloque-en"],"acf":[],"yoast_head":"\n
Dengue is a viral infection transmitted from mosquitoes to humans and more common in tropical and subtropical climates. In Benin, a West African country, the presence of Dengue virus type 3 in mosquito vectors has been reported, showing a high risk of human infection. Probable cases of dengue fever were described in 1987 among German humanitarian workers returning from Benin. In 2019, the first cases of dengue fever infection with serotype 2 in humans have been reported in Benin. Although the other serotypes have not yet reported, studies showed infection with serotypes 1 and 3 in travelers returning from Benin to France in 2019, and to Japan in 2010, indicating a probable presence of these serotypes in Benin. This study is part of the AFROSCREEN project which aims to carry out genomic surveillance of the SARS-CoV-2 virus, but also extended to other emerging pathogens, including dengue virus (https:\/\/www.AFROSCREEN.org\/projet\/).
Serum samples from four patients suspected cases for dengue infection were tested for dengue virus by real time quantitative polymerase chain reaction using dengue Altona 3.0 kit at the National Reference Laboratory Diagnosis of Viral Haemorrhagic Fever Viruses of Benin.
Moreover, the complete genome of positive samples was sequenced for phylogenetic analysis in order to know which serotype of dengue is circulating.
Of the four samples analyzed, three were positive for dengue virus and were sequenced. One patient was detected positive for serotype 1, and the two others were positive for serotype 3. Phylogenic analyzes show that the DNA sequence from the patient infected with serotype 1 is very close to that obtained in Nigeria in 2021 and the two sequences of serotype 3 are in the same clade as sequences from Burkina Faso in 2017, and Senegal in 2018, but is individualized separately.
We show for the first time, the dengue serotype 1 and serotype 3 infection in Benin in human blood. Benin being on the border with Nigeria, with an importantly migratory flow that can increase transmission. The Dengue type 3 virus was detected in Aedes aegypti in Benin and could explain the human infection. The two serotype 3 sequences found to be genetically different from that isolated from Burkina Faso and Senegal, but occurring in the same clade would indicate a truly different strain from existing ones. We speculate a particular mutation in our sequences, not yet observed or published in other countries
These results send a strong signal to health authorities and require that arbovirus surveillance effort must be integrated into pathogens monitoring programs
Le virus Lassa au B\u00e9nin : caract\u00e9risation g\u00e9nomique des isolats des cas positifs responsables des \u00e9pid\u00e9mies de 2023-2024<\/strong>, Anges YADOULETON, Achilles MASSOUGBODJI, LFHV\/IRCB, B\u00e9nin
End\u00e9mique dans certaines parties de l\u2019Afrique de l\u2019Ouest, la fi\u00e8vre Lassa est une zoonose associ\u00e9e \u00e0 une maladie h\u00e9morragique aigu\u00eb et potentiellement mortelle caus\u00e9e par le virus Lassa avec plusieurs d\u00e9c\u00e8s annuellement. Contrairement aux \u00e9pid\u00e9mies des ann\u00e9es ant\u00e9rieures qui apparaissent en saison s\u00e8che au B\u00e9nin, le pays a connu en pleine saison pluvieuse de l\u2019ann\u00e9e 2023 plusieurs cas de fi\u00e8vres h\u00e9morragiques \u00e0 virus Lassa en milieu hospitalier dans les villes de Parakou et de Boko au Nord-Est du pays. Face une telle r\u00e9surgence, la pr\u00e9sente \u00e9tude s\u2019est int\u00e9ress\u00e9e \u00e0 la caract\u00e9risation g\u00e9nomique des isolats pour une meilleure compr\u00e9hension. Les \u00e9chantillons diagnostiqu\u00e9s positifs \u00e0 partir du kit Altona 2. 0 au Laboratoire de R\u00e9f\u00e9rence des Fi\u00e8vres h\u00e9morragiques Virales du B\u00e9nin (LFHV) ont \u00e9t\u00e9 conserv\u00e9s \u00e0 -20 degr\u00e9s pour le s\u00e9quen\u00e7age \u00e0 l\u2019Institut de Recherche Clinique du B\u00e9nin (IRCB). Un s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome complet a \u00e9t\u00e9 r\u00e9alis\u00e9 sur la plate-forme Illumina (ISEQ100) apr\u00e8s un enrichissement viral par les sondes (comprehensive viral panel, Twist Bioscience). Le pipeline viral consensus genome de CZID, a \u00e9t\u00e9 utilis\u00e9 pour le contr\u00f4le de qualit\u00e9, le filtre, l\u2019alignement et l\u2019assignation virale. Les nouvelles s\u00e9quences sont align\u00e9es avec les s\u00e9quences de r\u00e9f\u00e9rences humaines disponible dans Genbank pour les analyses phylog\u00e9n\u00e9tiques (PhyML). Sur 82 cas suspects en provenance de deux d\u00e9partements du Nord B\u00e9nin pendant la saison pluvieuse, 19 cas ont \u00e9t\u00e9 diagnostiqu\u00e9s positifs \u00e0 partir du kit Altona 2.0, tous \u00e9taient de long (L) fragment du virus Lassa. Le s\u00e9quen\u00e7age a \u00e9t\u00e9 r\u00e9alis\u00e9 pour 9 \u00e9chantillons. Les r\u00e9sultats r\u00e9v\u00e8lent des g\u00e9nomes complets de virus Lassa, et les analyses phylog\u00e9n\u00e9tiques montrent un lien tr\u00e8s \u00e9troit avec les pr\u00e9c\u00e9dentes souches de lign\u00e9e VII du virus Lassa isol\u00e9es au B\u00e9nin. Ces r\u00e9sultats montrent que le B\u00e9nin \u00e0 son propre r\u00e9servoir du virus Lassa. Il urge \u00e0 cet effet que les autorit\u00e9s sanitaires mettent l\u2019accent sur la surveillance sanitaire de cette fi\u00e8vre afin d\u2019anticiper les \u00e9pid\u00e9mies.
Circulation du variant Omicron (B1.1.529) du SARS-CoV-2 dans la population g\u00e9n\u00e9rale de l\u2019Ouest du Burkina Faso, en Afrique de l\u2019Ouest<\/strong>, Yacouba SAWADOGO, CHU Souro SANOU, Burkina Faso
Introduction : Le variant Omicron (B1.1.529) du SARS-CoV-2 a \u00e9t\u00e9 responsable d\u2019une augmentation de l\u2019incidence du COVID-19 dans le monde. Cette \u00e9tude visait \u00e0 \u00e9tudier la circulation de ce variant dans la population g\u00e9n\u00e9rale du Burkina Faso.<\/p>\n\n\n\n
M\u00e9thodologie : Il s\u2019agissait d\u2019une \u00e9tude transversale descriptive men\u00e9e de novembre 2021 \u00e0 novembre 2022. Toutes les personnes ayant obtenu des r\u00e9sultats positifs \u00e0 la PCR ont \u00e9t\u00e9 test\u00e9es avec le kit DI SARS-CoV-2 MOC\/I Multiplex coupl\u00e9 au logiciel d\u2019analyse Innovative Diagnostics DISoft\u2122. Tous les participants chez qui un variant Omicron a \u00e9t\u00e9 d\u00e9tect\u00e9s ont \u00e9t\u00e9 inclus.<\/p>\n\n\n\n
R\u00e9sultats : Deux cent vingt-cinq \u00e9chantillons positifs pour le SARS-CoV-2 ont \u00e9t\u00e9 analys\u00e9s pour la d\u00e9tection du variant. Le variant Omicron a \u00e9t\u00e9 trouv\u00e9 \u00e0 83,94% d\u00e9finissant une population d\u2019\u00e9tude de 207 participants. Cent six \u00e9taient de sexe masculin. Leur \u00e2ge variait de 2 mois \u00e0 83 ans avec un \u00e2ge m\u00e9dian de 46,38\u00b117,72 ans. La tranche d\u2019\u00e2ge la plus repr\u00e9sent\u00e9e \u00e9tait celle des 40-64 ans correspondant \u00e0 56,52%. Au total, 120 des 207 cas \u00e9taient des non suspects de COVID-19. Le plus grand nombre de cas de variant Omicron a \u00e9t\u00e9 observ\u00e9 en janvier 2022.<\/p>\n\n\n\n
Conclusion : Notre \u00e9tude a r\u00e9v\u00e9l\u00e9 que le variant Omicron du SARS-CoV-2 peut se propager dans diff\u00e9rents groupes d\u2019\u00e2ge, sexes et chez les patients asymptomatiques. Ces r\u00e9sultats fournissent des informations sur la dynamique de transmission des variants du SARS-CoV-2 et devraient \u00eatre utilis\u00e9s pour l\u2019optimisation des futures mesures de sant\u00e9 publique ciblant le COVID-19 au Burkina Faso.
Surveillance g\u00e9nomique des variants du SARS-CoV-2 par la technique de s\u00e9quen\u00e7age Illumina au laboratoire de virologie du Centre MURAZ, Burkina Faso<\/strong>, Muriel de SOUZA, Centre MURAZ, Burkina Faso
La surveillance g\u00e9nomique du SARS-CoV-2 est essentielle pour d\u00e9tecter les variants, comprendre la transmission du virus. Elle joue un r\u00f4le cl\u00e9 dans la lutte contre la pand\u00e9mie de COVID-19 et dans la prise de d\u00e9cisions \u00e9clair\u00e9es en mati\u00e8re de politique de sant\u00e9 publique. Il est donc imp\u00e9ratif de disposer de technologies de s\u00e9quen\u00e7age hautement performantes, adapt\u00e9es aux ressources disponibles. Gr\u00e2ce au programme AFROSCREEN qui a pour but de renforcer la surveillance de l\u2019\u00e9volution des variants, le s\u00e9quen\u00e7age par la technique Illumina a \u00e9t\u00e9 impl\u00e9ment\u00e9 au Centre MURAZ. Cette \u00e9tude pr\u00e9sente les premiers r\u00e9sultats de s\u00e9quen\u00e7age obtenus au laboratoire de g\u00e9nomique du Centre MURAZ.<\/p>\n\n\n\n
La collecte des \u00e9chantillons s\u2019est d\u00e9roul\u00e9e de janvier 2022 \u00e0 Avril 2024. Tous les \u00e9chantillons dont les r\u00e9sultats de la PCR diagnostique \u00e9taient positifs avec une valeur du Ct g\u00e8ne E inf\u00e9rieur \u00e0 30 ont \u00e9t\u00e9 s\u00e9quenc\u00e9. Le s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome complet a \u00e9t\u00e9 r\u00e9alis\u00e9 avec le MiniSeq \u00e0 l\u2019aide du kit CovidSeq Assay (Illumina, Netherlands, Pays-Bas). Les analyse bio-informatique ont \u00e9t\u00e9 r\u00e9alis\u00e9 sur la plateforme Docker.<\/p>\n\n\n\n
Sur les 119 \u00e9chantillons s\u00e9quenc\u00e9s, 101 (84,87%) ont produit des s\u00e9quences g\u00e9nomiques interpr\u00e9tables avec une couverture moyenne de 84,38%. Parmi ceux-ci, 56 (55,44%) ont produit des s\u00e9quences de haute qualit\u00e9 avec une couverture d\u2019au moins 90 % du g\u00e9nome du SARS-CoV-2. Les variant Omicron (99%) et Delta (1%) \u00e9tait retrouv\u00e9, avec une pr\u00e9dominance des lign\u00e9es BA.2 (26,73) et XBB.1 (28,71).<\/p>\n\n\n\n
Le s\u00e9quen\u00e7age des variants du SARS-CoV-2 est effectif au laboratoire de g\u00e9nomique du Centre MURAZ gr\u00e2ce au programme AFROSCREEN. Il a permis de mettre en \u00e9vidence la circulation du variants omicron au Burkina Faso entre janvier 2022 et avril 2024. Cette technique mis en place devrait s\u2019\u00e9tendre \u00e0 la surveillance g\u00e9nomique d\u2019autres pathog\u00e8nes d\u2019int\u00e9r\u00eat.
Etude comparative des techniques de s\u00e9quen\u00e7ages Illumina et Nanopore pour la d\u00e9tection des variants de SARS-Cov-2 au Centre MURAZ, Burkina Faso<\/strong>, Muriel de SOUZA, Centre MURAZ, Burkina Faso
Le s\u00e9quen\u00e7age de l\u2019ADN a r\u00e9volutionn\u00e9 le domaine de la g\u00e9nomique en permettant l\u2019analyse d\u00e9taill\u00e9e des g\u00e9nomes et la compr\u00e9hension des m\u00e9canismes mol\u00e9culaires sous-jacents \u00e0 diverses maladies. La vitesse de propagation du SARS-CoV-2 et l\u2019\u00e9mergence de ces variants qui ont des impacts sur la contagiosit\u00e9, l\u2019efficacit\u00e9 des vaccins, la s\u00e9v\u00e9rit\u00e9 de la maladie ou encore le diagnostic virologique ont conduit au d\u00e9veloppement des tests de diagnostic et des m\u00e9thodes de s\u00e9quen\u00e7ages. Dans le cadre du Projet AFROSCREEN, plusieurs m\u00e9thodes de s\u00e9quen\u00e7age sont utilis\u00e9es pour la surveillance des variants du SARS-CoV-2. Cette \u00e9tude avait pour objectif de comparer les techniques de s\u00e9quen\u00e7age de Nanopores et Illumina pour la d\u00e9tection des variants de SARS-CoV-2 au Centre MURAZ au Burkina Faso.<\/p>\n\n\n\n
L\u2019\u00e9tude s\u2019est d\u00e9roul\u00e9e de janvier 2022 \u00e0 d\u00e9cembre 2023 au Centre MURAZ. les pr\u00e9l\u00e8vements dont les r\u00e9sultats de la PCR \u00e9taient positifs avec une valeur de Ct inf\u00e9rieur \u00e0 30 pour le g\u00e8ne E ont \u00e9t\u00e9 s\u00e9quenc\u00e9s simultan\u00e9ment avec le MinION Mk1B de Nanopore en utilisant le kit Midnight ( Oxford Nanopore Technologies, Oxford, United Kingdom) , et avec le MiniSeq de Illumina en utilisant le kit CovidSeq Assay (Illumina, Netherlands, Pays-Bas).<\/p>\n\n\n\n
Sur 44 \u00e9chantillons ayant fait l\u2019objet de notre comparaison, 33 ont donn\u00e9 des r\u00e9sultats similaires pour les deux techniques de s\u00e9quen\u00e7age, tandis que 11 avaient des r\u00e9sultats discordants. Deux \u00e9checs ont \u00e9t\u00e9 enregistr\u00e9s avec la technologie Nanopore. Pour la technologie Illumina la pr\u00e9sence de variants recombinants a \u00e9t\u00e9 not\u00e9e, mais aucun \u00e9chec n\u2019a \u00e9t\u00e9 observ\u00e9.<\/p>\n\n\n\n
Une bonne concordance a \u00e9t\u00e9 observ\u00e9e entre les r\u00e9sultats de s\u00e9quence obtenus par les deux techniques. Cependant, le taux d\u2019\u00e9chec g\u00e9n\u00e9r\u00e9 lors du s\u00e9quen\u00e7age par la technologie Nanopore est plus important. Les deux techniques restent interchangeables en fonction de leur disponibilit\u00e9 et du contexte d\u2019utilisation.
Mise en place d\u2019une m\u00e9thode de Fusion Haute R\u00e9solution (HRM)-multiplex pour le d\u00e9pistage rapide des mutations de variants SARS-CoV-2 au Burkina Faso<\/strong>, Dramane KANIA, Centre MURAZ, Burkina Faso
Introduction : Depuis son apparition fin d\u00e9cembre 2019, le SARS-CoV-2 n\u2019a cess\u00e9 d\u2019\u00e9voluer et de muter, entra\u00eenant la gen\u00e8se de nombreux variants pr\u00e9sentant des degr\u00e9s variables d\u2019infectiosit\u00e9 et de l\u00e9talit\u00e9. Dans ce contexte pand\u00e9mique, le partage rapide des informations relatives aux s\u00e9quences g\u00e9nomiques est essentiel. Cette \u00e9tude, r\u00e9alis\u00e9e dans le cadre du programme AFROSCREEN, visait \u00e0 mettre en place une technique de d\u00e9pistage ouverte dans plusieurs pays d\u2019Afrique, et \u00e0 \u00e9valuer son utilit\u00e9 dans la surveillance de la circulation des variants du SARS-CoV-2 dans les populations.<\/p>\n\n\n\n
Mat\u00e9riels et m\u00e9thodes : Cette \u00e9tude a \u00e9t\u00e9 men\u00e9e de janvier 2022 \u00e0 novembre 2022 dans le cadre du programme AFROSCREEN qui implique plus de 20 laboratoires dans 13 pays africains. Dans le Centre MURAZ et le CHU de Sour\u00f4 SANOU, toutes les personnes ayant un r\u00e9sultat PCR positif ont \u00e9t\u00e9 test\u00e9es avec le kit multiplex DISARS-CoV-2 MOC\/I pour la d\u00e9tection des variants. Cet outil est une RT-PCR multiplex qui assure simultan\u00e9ment la d\u00e9tection du SARS-CoV-2 et la diff\u00e9renciation des principaux variants pr\u00e9occupants et d\u2019autres variants d\u2019int\u00e9r\u00eats. Le logiciel associ\u00e9 DISoft\u2122, bas\u00e9 sur l\u2019intelligence artificielle, a \u00e9t\u00e9 utilis\u00e9 pour analyser et interpr\u00e9ter automatiquement les r\u00e9sultats. Une partie des variants d\u00e9tect\u00e9s a \u00e9t\u00e9 compar\u00e9e aux r\u00e9sultats obtenus par s\u00e9quen\u00e7age.<\/p>\n\n\n\n
R\u00e9sultats : Un total de 8228 \u00e9chantillons a \u00e9t\u00e9 test\u00e9 \u00e0 l\u2019aide de l\u2019outil de d\u00e9pistage dans les laboratoires du programme AFROSCREEN. Au Centre Muraz et \u00e0 l\u2019h\u00f4pital universitaire Sour\u00f4 SANOU, les 622 \u00e9chantillons positifs ont \u00e9t\u00e9 soumis \u00e0 un test de d\u00e9tection de variants et 316 variants connues ont \u00e9t\u00e9 d\u00e9tect\u00e9es. Au Centre Muraz, qui avait acc\u00e8s au s\u00e9quen\u00e7age, 82 \u00e9chantillons positifs ont \u00e9t\u00e9 s\u00e9quenc\u00e9s et les r\u00e9sultats ont \u00e9t\u00e9 compar\u00e9s \u00e0 la m\u00e9thode de d\u00e9pistage. Parmi les 82 \u00e9chantillons, 32 des r\u00e9sultats \u00e9taient concordants (39,02%), 19 non d\u00e9tect\u00e9s par le criblage (23,17%), 28 \u00e9checs par s\u00e9quen\u00e7age (34,15%), 3 non interpr\u00e9tables (3,66%).<\/p>\n\n\n\n
Conclusion : L\u2019utilisation du kit de RT-PCR-HRM multiplex a r\u00e9pondu aux besoins des laboratoires en fournissant des r\u00e9sultats rapides et fiables \u00e0 un co\u00fbt abordable. Cependant, le s\u00e9quen\u00e7age reste compl\u00e9mentaire pour \u00e9tudier les \u00e9chantillons dont les r\u00e9sultats de la PCR sont ind\u00e9termin\u00e9s et pour approfondir la caract\u00e9risation des variants.
Dynamique spatiotemporelle de la COVID-19 au Burkina Faso,<\/strong> Salissou ABDOU AHMED MOHAMED, Centre MURAZ, Burkina Faso
Introduction: la maladie \u00e0 coronavirus (COVID-19) a affect\u00e9 le Burkina Faso avec une grande disparit\u00e9 entre diff\u00e9rentes localit\u00e9s du pays. L\u2019objectif de cette \u00e9tude est d\u00e9crire la dynamique spatiotemporelle de la COVID-19 au Burkina Faso de 2020 \u00e0 2024.<\/p>\n\n\n\n
M\u00e9thode : dans le cadre du projet AFROSCREEN nous avons r\u00e9alis\u00e9 une analyse secondaire des donn\u00e9es de surveillance de la COVID-19 de la p\u00e9riode de mars 2020 \u00e0 mars 2024. Les donn\u00e9es climatiques ont \u00e9t\u00e9 t\u00e9l\u00e9charg\u00e9es sur le site de l\u2019Administration Nationale de l\u2019A\u00e9ronautique et de l\u2019Espace (NASA). Un mod\u00e8le Bay\u00e9sien hi\u00e9rarchique spatiotemporelle pour identifier les facteurs de risque associ\u00e9s \u00e0 la dynamique temporo-spatiale de la COVID-19 au Burkina Faso.<\/p>\n\n\n\n
R\u00e9sultats : Durant la p\u00e9riode de l\u2019\u00e9tude au total 71175 cas suspects ont \u00e9t\u00e9 enregistr\u00e9s. Le taux de positivit\u00e9 \u00e9tait de 5,69% chez les 4049 cas confirm\u00e9s, le sexe ratio homme femme est de 1,77. L\u2019\u00e2ge m\u00e9dian \u00e9tait de 39 ans (IIQ [28-51]). Le pic du nombre des cas \u00e9tait enregistr\u00e9 en 2021. IL existe une saisonnalit\u00e9 dans la distribution des cas dans le temps avec une tendance d\u00e9croissante \u00e0 partir de 2021. Les 5 premiers districts sanitaires avec plus des cas sont : Bogodogo (1236), Do (869), Basky (603), Dafra (422) et Boulmiougou (304).<\/p>\n\n\n\n
Conclusion: cette \u00e9tude a permis de mettre en \u00e9vidence des localit\u00e9s les plus touch\u00e9es. Des analyses compl\u00e9mentaires sont en cours pour identifier les facteurs climatiques, sociod\u00e9mographiques associ\u00e9s \u00e0 cette dynamique temporo-spatiale.
Surveillance des variants du SARS-CoV-2 au Burkina Faso<\/strong>, Dramane KANIA, Centre MURAZ, Burkina Faso
Introduction \/ contexte : Depuis la premi\u00e8re \u00e9mergence du SRAS-CoV-2 fin 2019, de nouveaux variants du virus continuent d\u2019\u00e9merger, entra\u00eenant des changements dans la s\u00e9v\u00e9rit\u00e9 de la maladie, compromettant l\u2019efficacit\u00e9 de la vaccination et des traitements. Conform\u00e9ment aux recommandations internationales pour la surveillance g\u00e9nomique des agents pathog\u00e8nes, le Burkina Faso a mis en place un syst\u00e8me national de surveillance des variants du SRAS-CoV-2 adapt\u00e9 \u00e0 son contexte pour suivre la dynamique du virus dans le pays. Nous d\u00e9crivons ici la mise en place de ce syst\u00e8me.<\/p>\n\n\n\n
M\u00e9thodes : Sous l\u2019impulsion du Minist\u00e8re de la Sant\u00e9 (MoH), l\u2019ensemble des acteurs techniques et financiers a \u00e9labor\u00e9 et adopt\u00e9 un guide national de surveillance des variants du SARS-CoV-2 au Burkina Faso. Il d\u00e9crit l\u2019organisation des pr\u00e9l\u00e8vements, le transport des pr\u00e9l\u00e8vements, le r\u00e9seau des laboratoires, les moyens de diagnostic selon le plateau technique de chaque laboratoire, la bioinformatique, la gestion et l\u2019exploitation des donn\u00e9es.<\/p>\n\n\n\n
R\u00e9sultats : Le syst\u00e8me de surveillance g\u00e9nomique du SRAS-CoV-2 au Burkina Faso a \u00e9t\u00e9 int\u00e9gr\u00e9 au r\u00e9seau national des laboratoires de diagnostic du SRAS-CoV-2. Les \u00e9chantillons sont pr\u00e9lev\u00e9s dans les sites sentinelles, les centres de d\u00e9pistage et les centres de prise en charge par niveau de soins et r\u00e9partis dans les deux grandes villes du pays (Ouagadougou et Bobo- Dioulasso). Les \u00e9chantillons positifs sont envoy\u00e9s pour d\u00e9pistage PCR aux laboratoires de r\u00e9f\u00e9rence affili\u00e9s. Le s\u00e9quen\u00e7age est r\u00e9alis\u00e9 au Centre MURAZ et au laboratoire du CHU Souro Sanou \u00e0 Bobo- Dioulasso. L\u2019analyse et le stockage des donn\u00e9es de s\u00e9quen\u00e7age sont pr\u00e9vus sur le serveur de la plateforme bioinformatique de l\u2019Universit\u00e9 Joseph KI-ZERBO de Ouagadougou. La coordination est assur\u00e9e par le laboratoire de r\u00e9f\u00e9rence sur la grippe qui partage les donn\u00e9es aux niveaux national et international.<\/p>\n\n\n\n
Conclusion : La surveillance des variants du SRAS-CoV-2 au Burkina Faso est bien con\u00e7ue et int\u00e9gr\u00e9e dans la surveillance de routine de la maladie. Cependant, il doit \u00eatre plus op\u00e9rationnel en fournissant des r\u00e9actifs et d\u2019autres intrants de laboratoire pour effectuer davantage de s\u00e9quen\u00e7age et de partage de donn\u00e9es. Aussi, elle doit \u00e9voluer vers la surveillance g\u00e9nomique des pathog\u00e8nes de fa\u00e7on g\u00e9n\u00e9rale.
Renforcement des capacit\u00e9s de gestion, d\u2019analyse et d\u2019utilisation des donn\u00e9es de surveillance int\u00e9gr\u00e9e des infections respiratoires au Burkina Faso : Exp\u00e9rience du projet AFROSCREEN,<\/strong> Isidore Tiandiogo Traor\u00e9, Centre MURAZ, Burkina Faso
Introduction : Au Burkina Faso, malgr\u00e9 les similitudes dans la d\u00e9finition des cas de COVID-19, de syndrome grippal (SG) et d\u2019infection respiratoire aigu\u00eb s\u00e9v\u00e8re (IRA), les activit\u00e9s de surveillance de ces maladies n\u2019\u00e9taient pas int\u00e9gr\u00e9es. Dans le cadre du projet AFROSCREEN, nous avons effectu\u00e9 une analyse de situation et mis en \u0153uvre plusieurs paquets d\u2019activit\u00e9s pour int\u00e9grer la surveillance g\u00e9nomique du SRAS-CoV2 dans la surveillance nationale existante des infections respiratoires.
M\u00e9thodologies: D\u2019avril 2021 \u00e0 septembre 2022, l\u2019analyse situationnelle a inclus une revue de la litt\u00e9rature, des entretiens individuels et des focus groupes avec les parties prenantes impliqu\u00e9es dans la surveillance des infections respiratoires au Burkina Faso. Avec eux, 7 paquets d\u2019activit\u00e9s ont \u00e9t\u00e9 identifi\u00e9s et mis en \u0153uvre, dont l\u2019int\u00e9gration de la surveillance sentinelle des cas de variants du SRAS-CoV-2 \u00e0 la surveillance sentinelle des SG et le renforcement des capacit\u00e9s de gestion et d\u2019analyse de ces donn\u00e9es .
R\u00e9sultats: Le projet a permis une augmentation du nombre de sites de surveillance sentinelle des infections respiratoires de 5 \u00e0 13, incluant des cliniques priv\u00e9es. Il a mis en place un flux d\u2019\u00e9chantillons biologiques permettant d\u2019int\u00e9grer tous les tests (d\u00e9pistage, diagnostic et g\u00e9notypage) de la COVID-19, des SG et des IRAS sur le m\u00eame \u00e9chantillon. La base de donn\u00e9es nationale COVID-19 a \u00e9t\u00e9 adapt\u00e9e pour prendre en compte les SG et IRAS. Les capacit\u00e9s de saisie des donn\u00e9es de surveillance en temps r\u00e9el et d\u2019analyse statistique avanc\u00e9es de ces donn\u00e9es ont \u00e9galement \u00e9t\u00e9 renforc\u00e9es. Le projet a aussi am\u00e9lior\u00e9 le nombre de cas investigu\u00e9s par les sites sentinelles
Conclusion: Ce processus d\u2019int\u00e9gration est constamment am\u00e9lior\u00e9 gr\u00e2ce aux le\u00e7ons tir\u00e9es des probl\u00e8mes de mise en \u0153uvre rencontr\u00e9s. L\u2019exp\u00e9rience est utilis\u00e9e par le minist\u00e8re de la sant\u00e9 pour int\u00e9grer la surveillance d\u2019autres infections respiratoires, telles que le streptocoque pneumoniae
\u00c9valuation du syst\u00e8me de surveillance de la COVID-19 : cas des sites sentinelles de la surveillance des infections respiratoires au Burkina Faso<\/strong>, Bakary CISSE, Centre MURAZ, Burkina Faso
L\u2019Organisation Mondiale de la Sant\u00e9 recommande un suivi et une \u00e9valuation r\u00e9guli\u00e8re des syst\u00e8mes de surveillance en sant\u00e9 publique pour maintenir la fiabilit\u00e9 des donn\u00e9es utilis\u00e9es dans l\u2019\u00e9laboration des politiques sanitaires. Le projet ANRS\/AFROSCREEN a donc r\u00e9alis\u00e9 une \u00e9valuation de base du syst\u00e8me de surveillance de la COVID-19 sur les sites sentinelles des infections respiratoires au Burkina Faso de janvier 2022 \u00e0 juin 2023.
Cette \u00e9valuation s\u2019est concentr\u00e9e sur l\u2019utilit\u00e9 du syst\u00e8me de surveillance et les neuf attributs du guide d\u2019\u00e9valuation des syst\u00e8mes de surveillance des Centres pour le Contr\u00f4le et la Pr\u00e9vention des Maladies des \u00c9tats-Unis : simplicit\u00e9, flexibilit\u00e9, qualit\u00e9 et exhaustivit\u00e9 des donn\u00e9es, acceptabilit\u00e9, sensibilit\u00e9, valeur pr\u00e9dictive positive, repr\u00e9sentativit\u00e9, promptitude et stabilit\u00e9. Chaque attribut a \u00e9t\u00e9 \u00e9valu\u00e9 \u00e0 l\u2019aide d\u2019indicateurs sp\u00e9cifiques, not\u00e9s de 1 \u00e0 3 selon leur performance : 1 (performance faible), 2 (performance mod\u00e9r\u00e9e), 3 (bonne performance).
Les points forts du syst\u00e8me de surveillance de la COVID-19 au Burkina Faso \u00e9taient son utilit\u00e9, sa sensibilit\u00e9 et sa promptitude. Cependant, la simplicit\u00e9, la flexibilit\u00e9 et la stabilit\u00e9 n\u00e9cessitaient des am\u00e9liorations. Globalement, la performance du syst\u00e8me a \u00e9t\u00e9 \u00e9valu\u00e9e comme mod\u00e9r\u00e9e \u00e0 bonne, car il r\u00e9pondait au probl\u00e8me de sant\u00e9 publique pour lequel il avait \u00e9t\u00e9 \u00e9tabli, bien que certains probl\u00e8mes affectent son efficacit\u00e9. Le score moyen global de tous les attributs \u00e9valu\u00e9s \u00e9tait de 2,1.
Cette \u00e9tude a offert un premier aper\u00e7u des performances du syst\u00e8me de surveillance de la COVID-19 au Burkina Faso, fournissant des informations essentielles pour renforcer un syst\u00e8me de surveillance int\u00e9gr\u00e9 des pathologies respiratoires.
Mots-cl\u00e9s : \u00c9valuation \u2013 Syst\u00e8me de surveillance \u2013 COVID-19 \u2013 Burkina Faso
\u00c9valuation sur le terrain d\u2019un test de d\u00e9pistage ouvert bas\u00e9 sur la PCR multiplex de criblage de mutations du SARS-CoV-2 par rapport au s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome viral entier, entre ao\u00fbt 2020 et d\u00e9cembre 2022, \u00e0 Yaound\u00e9, Cameroun<\/strong>, Foudi Martin MA\u00cfDADI, Centre de Recherches sur les Maladies Emergentes et Re-\u00e9mergentes (CREMER), Cameroun
Contexte : Le s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome viral (WGS) est la r\u00e9f\u00e9rence en mati\u00e8re d\u2019identification des variantes du SARS-CoV-2. Cette \u00e9tude visait \u00e0 \u00e9valuer l\u2019utilit\u00e9 d\u2019un test de d\u00e9pistage ouvert bas\u00e9 sur la PCR de criblage de mutations du SARS-CoV-2 dans la surveillance g\u00e9nomique.
M\u00e9thodes : Les \u00e9chantillons positifs au SARS-CoV-2 ont \u00e9t\u00e9 test\u00e9s avec le kit DICOV-MOC\/I Multiplex pour la d\u00e9tection des mutations K417N, L452, E484, N501Y, P681H et del69\/70. Les r\u00e9sultats \u00e9taient compar\u00e9s aux donn\u00e9es WGS.
R\u00e9sultats : Au total,243 s\u00e9quences obtenues avaient une bonne qualit\u00e9 WGS et des r\u00e9sultats de criblage de mutations. Le WGS a identifi\u00e9 18 g\u00e9notypes sauvages, 1 Alpha, 1 Beta, 60 Delta, 2 Eta et 161 variants Omicron. 155\/161 (94,4 %) des variants Omicron ont \u00e9galement \u00e9t\u00e9 identifi\u00e9s par le kit DICOV-MOC, tandis que 47\/60 (78,3 %) Delta et 6\/18 (33,3 %) g\u00e9notypes sauvages ont \u00e9t\u00e9 correctement identifi\u00e9s par DICOV-MOC. Pour les variants Alpha, Beta et Eta, le petit nombre d\u2019\u00e9chantillons test\u00e9s n\u2019a pas permis de tirer de conclusion. L\u2019analyse de sensibilit\u00e9 pour l\u2019identification des mutations cibl\u00e9es par ce kit a montr\u00e9 des sensibilit\u00e9s bonnes \u00e0 moyennes pour les mutations K417N 93,23% (124\/133) et L452 83,10% (59\/71) ; faibles pour P681, 63,56% (143\/225), m\u00e9diocres pour E484, 6,84% (8\/117) et N501Y, 5,50% (6\/109).
Conclusions : Le g\u00e9notypage par RT-PCR peut fournir des capacit\u00e9s suppl\u00e9mentaires de d\u00e9pistage des variantes du SARS-CoV-2 lorsque le WGS n\u2019est pas disponible. Cette approche pourrait \u00e9galement \u00eatre utile pour le d\u00e9pistage d\u2019autres agents pathog\u00e8nes importants pour la sant\u00e9 publique.
Plateforme EWS-AFROSCREEN : Un Syst\u00e8me Innovant pour la Surveillance et la Visualisation des Donn\u00e9es dans le cadre du projet AFROSCREEN<\/strong>, Jules Brice Tchatchueng Mbougua, Service d\u2019\u00e9pidemiologie et de sant\u00e9 publique, Centre Pasteur du Cameroun, Cameroun
La plateforme EWS-AFROSCREEN, d\u00e9velopp\u00e9e dans le cadre du projet AFROSCREEN, gr\u00e2ce \u00e0 la collaboration entre Data scientists du Pasteur Network, repr\u00e9sente une avanc\u00e9e dans la gestion des donn\u00e9es \u00e9pid\u00e9miologiques et biologiques des infections respiratoires. Con\u00e7ue pour am\u00e9liorer la surveillance des infections respiratoires dans plusieurs pays, cette plateforme utilise une architecture de micro-services pour offrir des fonctionnalit\u00e9s robustes telles que la gestion des utilisateurs, la collecte de donn\u00e9es agr\u00e9g\u00e9es, l\u2019interop\u00e9rabilit\u00e9 avec d\u2019autres syst\u00e8mes et la visualisation des donn\u00e9es. Les utilisateurs peuvent facilement t\u00e9l\u00e9verser des donn\u00e9es via des fichiers Excel, saisir des donn\u00e9es directement dans le syst\u00e8me, ou int\u00e9grer des donn\u00e9es via une API. Le module de visualisation de donn\u00e9es de la plateforme propose un tableau de bord dynamique qui affiche non seulement des informations globales de l\u2019OMS mais aussi des analyses d\u00e9taill\u00e9es au niveau des pays et des sites sentinelles. Cette solution permet aux gestionnaires de donn\u00e9es et d\u00e9cideurs de suivre en temps r\u00e9el l\u2019\u00e9volution des \u00e9pid\u00e9mies et d\u2019am\u00e9liorer les strat\u00e9gies de r\u00e9ponse aux maladies. La plateforme EWS-AFROSCREEN est un outil essentiel pour la collecte de donn\u00e9es pr\u00e9cises et leur analyse strat\u00e9gique, contribuant ainsi efficacement \u00e0 la sant\u00e9 publique r\u00e9gionale et mondiale.
Am\u00e9lioration de la d\u00e9tection et de l\u2019identification des agents pathog\u00e8nes \u00e0 potentiel \u00e9pid\u00e9mique et de la r\u00e9ponse au Cameroun : projet AFROSCREEN<\/strong>, Mathurin Cyrille TEJIOKEM, Service d\u2019Epid\u00e9miologie et de Sant\u00e9 Publique, Centre Pasteur du Cameroun, Cameroun
Dans le cadre de la mise en place du projet AFROSCREEN, le Centre Pasteur du Cameroun (CPC) s\u2019est positionn\u00e9 sur les volets laboratoire et \u00e9pid\u00e9miologie. Sur ce dernier, la surveillance sentinelle et l\u2019investigation des cas d\u2019infection par les variants du SARS-CoV-2 et leurs contacts familiaux a d\u00e9marr\u00e9 respectivement en ao\u00fbt et novembre 2022 dans sept sites sentinelles \u00e0 Yaound\u00e9 (dont cinq d\u00e9j\u00e0 impliqu\u00e9s dans la surveillance de la grippe et deux nouvellement ouverts). Jusqu\u2019en mars 2023, la diminution de la demande de d\u00e9pistage du SARS-CoV-2 et du taux de positivit\u00e9 des tests a conduit \u00e0 une r\u00e9flexion au sein du Pasteur Network pour r\u00e9orienter cette activit\u00e9. De celle-ci est sorti un protocole de surveillance syndromique renforc\u00e9e des cas d\u2019infection respiratoire aigu\u00eb s\u00e9v\u00e8re par un VOI\/VOC ou un autre pathog\u00e8ne d\u2019int\u00e9r\u00eat confirm\u00e9 (PCR, Kit multiplex fast track diagnostic respiratory pathogens, s\u00e9quen\u00e7age et m\u00e9tagenomie) ou suspect\u00e9 sur la base des \u00e9l\u00e9ments \u00e9pid\u00e9miologiques d\u2019exposition \u00e0 risque et leurs contacts familiaux. L\u2019activit\u00e9 r\u00e9orient\u00e9e a d\u00e9marr\u00e9 en d\u00e9cembre 2023 dans un des sept sites sentinelles disposant d\u2019un plateau technique adapt\u00e9 en r\u00e9animation. A ce stade de sa mise en oeuvre au Cameroun, le projet AFROSCREEN a notablement contribu\u00e9 \u00e0 la structuration de la surveillance avec l\u2019am\u00e9lioration des outils de diagnostic et de la prise en charge des patients, du renforcement de l\u2019animation, et du partage de l\u2019information avec l\u2019espoir que l\u2019\u00e9valuation prochaine de cette activit\u00e9 apportera encore plus d\u2019\u00e9l\u00e9ments aux d\u00e9cideurs de sant\u00e9 publique pour soutenir son extension \u00e0 l\u2019\u00e9chelle du pays et sa p\u00e9rennisation.
Circulation pr\u00e9coce du variant Omicron du SARS-COV-2 en C\u00f4te d\u2019Ivoire r\u00e9v\u00e9l\u00e9e par criblage r\u00e9trospectif des pr\u00e9l\u00e8vements des sites sentinelles du Projet AFROSCREEN<\/strong>, St\u00e9phane Koffi, Unit\u00e9 de Biologie Mol\u00e9culaire (UBMT), CHU de Treichville, C\u00f4te d\u2019Ivoire
Contexte : Le SARS-COV-2 est un virus pand\u00e9mie hypervariable responsable de la COVID-19. Plusieurs variants ont \u00e9t\u00e9 identifi\u00e9s dont Omicron. D\u00e9couvert le 9 novembre 2021, il s\u2019est distingu\u00e9 par un grand nombre de mutations.<\/p>\n\n\n\n
Pour expliquer son origine, plusieurs hypoth\u00e8ses ont \u00e9t\u00e9 propos\u00e9es, notamment l\u2019accumulation de mutations en circulant \u00e0 bas bruit dans une zone g\u00e9ographique sans surveillance g\u00e9nomique.
En C\u00f4te d\u2019Ivoire, la surveillance g\u00e9nomique n\u2019a commenc\u00e9 qu\u2019en 2022. Ce pays pourrait donc faire partie de cette zone. Et l\u2019\u00e9tude des variants qui y ont circul\u00e9 pourrait contribuer \u00e0 comprendre l\u2019origine d\u2019Omicron. Cette \u00e9tude avait pour objectif d\u2019identifier les variants du SARS-COV-2 circulant en C\u00f4te d\u2019Ivoire avant la d\u00e9couverte d\u2019Omicron.<\/p>\n\n\n\n
Mat\u00e9riel et m\u00e9thodes : Dans le cadre d\u2019AFROSCREEN, une \u00e9tude transversale a \u00e9t\u00e9 r\u00e9alis\u00e9e du 1er mars au 6 avril 2024 au CHU de Treichville. Les pr\u00e9l\u00e8vements naso-pharyng\u00e9s collect\u00e9s avant le 9 novembre 2021 et test\u00e9s positifs pour le SARS-COV-2 ont \u00e9t\u00e9 cribl\u00e9s.
Les donn\u00e9es ont \u00e9t\u00e9 analys\u00e9es \u00e0 l\u2019aide du logiciel EPI-Info 7.2.<\/p>\n\n\n\n
R\u00e9sultats : Au total, 149 \u00e9chantillons correspondaient aux crit\u00e8res. De ceux-ci, 24,2% ont \u00e9t\u00e9 cribl\u00e9s avec succ\u00e8s. Omicron repr\u00e9sentait 33,3% des variants cribl\u00e9s.
Le premier \u00e9chantillon duquel Omicron (B.1.1.529) a \u00e9t\u00e9 d\u00e9tect\u00e9 a \u00e9t\u00e9 analys\u00e9 le 19 octobre 2020 soit plus d\u2019un an avant la d\u00e9couverte de ce variant.<\/p>\n\n\n\n
Conclusion : Les r\u00e9sultats de cette \u00e9tude sont compatibles avec l\u2019hypoth\u00e8se selon laquelle le variant Omicron serait apparu dans une zone g\u00e9ographique dans laquelle la surveillance g\u00e9notypique ne permettait pas de suivre l\u2019accumulation de ses mutations.
Distribution g\u00e9ographique des variants SARS-CoV-2 identifi\u00e9s au Centre Hospitalier Universitaire de Treichville, Abidjan, C\u00f4te d\u2019Ivoire de 2020 \u00e0 2023<\/strong>, Kobina Amandze Adams KOFI, Unit\u00e9 de Biologie Mol\u00e9culaire (UBMT), CHU de Treichville, C\u00f4te d\u2019Ivoire
Contexte : La pand\u00e9mie de COVID-19 a pos\u00e9 des d\u00e9fis de sant\u00e9 publique \u00e0 l\u2019\u00e9chelle mondiale avec l\u2019\u00e9mergence et la circulation des variants SARS-CoV-2. La surveillance de ces variants serait cruciale pour comprendre l\u2019\u00e9volution de la pand\u00e9mie et guider les interventions de sant\u00e9 publique. Ainsi, cette \u00e9tude visait \u00e0 analyser la distribution g\u00e9ographique des variants du SARS-CoV-2 identifi\u00e9s au Centre Hospitalier Universitaire de Treichville sur une p\u00e9riode de 3 ans.<\/p>\n\n\n\n
M\u00e9thodes : Une \u00e9tude observationnelle r\u00e9trospective \u00e0 porter sur les \u00e9chantillons de patients positifs \u00e0 la COVID-19 collect\u00e9s au CHU de Treichville entre 2020 et 2023. L\u2019identification des variants a \u00e9t\u00e9 r\u00e9alis\u00e9e \u00e0 l\u2019aide du kit DI SARS-CoV-2 MOC\/I suivant la technologie qPCR-HRM et les informations g\u00e9ographiques ont \u00e9t\u00e9 utilis\u00e9es pour cartographier la r\u00e9partition des variants dans la r\u00e9gion d\u2019Abidjan. L\u2019analyse des donn\u00e9es a \u00e9t\u00e9 effectu\u00e9e \u00e0 l\u2019aide du logiciel Rstudio 4.2.1.
R\u00e9sultats : Sur les 2894 \u00e9chantillons collect\u00e9s, 24% \u00e9taient positifs pour le SARS-CoV-2. Parmi ceux-ci, 420 ont \u00e9t\u00e9 cribl\u00e9s, dont 283 (67%) ont fourni des r\u00e9sultats interpr\u00e9tables. Selon une analyse g\u00e9ographique, l\u2019\u00e9picentre \u00e9tait localis\u00e9 au Centre-Est de la r\u00e9gion associ\u00e9e \u00e0 une pr\u00e9dominance du variant Omicron parmi les 274 (97%) variants identifi\u00e9s.<\/p>\n\n\n\n
Conclusion : Cette \u00e9tude souligne l\u2019importance de la d\u00e9tection pr\u00e9coce et de la surveillance continue des variants pour guider les strat\u00e9gies de sant\u00e9 publique. Des \u00e9tudes suppl\u00e9mentaires, notamment sur l\u2019analyse des g\u00e9nomes, sont n\u00e9cessaires pour comprendre pleinement les implications des variants et autres pathog\u00e8nes \u00e9mergents dans la r\u00e9gion et dans tout le pays.
Surveillance sentinelle du SARS-CoV2 dans le cadre du projet AFROSCREEN \u00e0 Abidjan -C\u00f4te d\u2019Ivoire de juin 2022 \u00e0 d\u00e9cembre 2023 : Mise en place, suivi et r\u00e9sultats<\/strong>, Yao Me Raphael Amani, Unit\u00e9 de Biologie Mol\u00e9culaire (UBMT), CHU de Treichville, C\u00f4te d\u2019Ivoire
Contexte<\/em>
La surveillance g\u00e9nomique constitue un pilier important dans la gestion de la pand\u00e9mie du SARS-CoV-2. L\u2019objectif de ce travail \u00e9tait de mettre en place des sites sentinelles avec l\u2019appui du projet AFROSCREEN pour d\u00e9tecter et caract\u00e9riser pr\u00e9cocement les infections par les variants du virus afin de r\u00e9duire leur propagation et leur impact sur les populations.<\/p>\n\n\n\n
M\u00e9thodes<\/em>
Une surveillance sentinelle des cas de Covid-19 concernant sept h\u00f4pitaux issus de cinq Districts sanitaires d\u2019Abidjan a \u00e9t\u00e9 mise en place. Les cas suspects identifi\u00e9s \u00e0 partir d\u2019une d\u00e9finition de cas, faisaient l\u2019objet d\u2019un pr\u00e9l\u00e8vement nasopharyng\u00e9 apr\u00e8s collecte des donn\u00e9es via une fiche \u00e9pid\u00e9miologique. Les \u00e9chantillons ont \u00e9t\u00e9 analys\u00e9s par RT-PCR classique et RT-PCR de criblage pour les cas positifs. Les donn\u00e9es ont \u00e9t\u00e9 analys\u00e9es \u00e0 l\u2019aide du logiciel R version 4.3.2.<\/p>\n\n\n\n
R\u00e9sultats<\/em>
Au total 536 personnes ont \u00e9t\u00e9 enr\u00f4l\u00e9es dont 56 % de sexe f\u00e9minin avec un \u00e2ge m\u00e9dian de 33 ans (IQR 23- 41). Quatre-vingt-dix cas positifs (16,8 %) ont \u00e9t\u00e9 identifi\u00e9s. La majorit\u00e9 de ces cas confirm\u00e9s (35,6 %) provenait des sites du District sanitaire de Cocody-Bingerville. Seul le variant Omicron a \u00e9t\u00e9 d\u00e9tect\u00e9 et le sous-type XBB \u00e9tait le plus fr\u00e9quent (44.4 %). Cependant, aucune association statistiquement significative n\u2019avait \u00e9t\u00e9 retrouv\u00e9 entre le r\u00e9sultat du test et le sexe (p=0.75) et les signes cliniques (toux p=0.18 et la dyspn\u00e9e p=0.157).<\/p>\n\n\n\n
Conclusion<\/em>
La circulation du SARS-CoV2 reste d\u2019actualit\u00e9. Elle est actuellement due aux sous types d\u2019Omicron. Le maintien d\u2019un tel syst\u00e8me reste essentiel pour suivre l\u2019\u00e9volution locale du virus.
Analyse descriptive des donn\u00e9es globales du projet AFROSCREEN<\/strong>, Julien POUBLAN, Universit\u00e9 de Bordeaux, France
Dans le cadre du projet AFROSCREEN, il \u00e9tait pr\u00e9vu de \u00ab Faire une analyse descriptive (en terme de temps, lieu, personne) des cas de variants du SARS-CoV-2 d\u00e9clar\u00e9s par les laboratoires \u00e0 l\u2019\u00e9chelle nationale et des 13 pays de l\u2019\u00e9tude \u00bb. Ce poster propose de r\u00e9pondre au mieux \u00e0 cet objectif en pr\u00e9sentant les donn\u00e9es agr\u00e9g\u00e9es (recueillies par le biais du tableau d\u00e9pos\u00e9 sur RESANA), ainsi que les donn\u00e9es individuelles dont le groupe de coordination EPi dispose actuellement (quelques pays uniquement \u00e0 l\u2019heure actuelle).
Genetic diversity and spatio-temporal evolution of SARS-CoV-2 variants in Guinea<\/strong>, Thibaut Armel Ch\u00e9rif GNIMADI, Centre de recherche et de formation en infectiologie de Guin\u00e9e (CERFIG), Guin\u00e9e
In Guinea, with the support of the AFROSCREEN project, genomic surveillance has been established to generate sequences and identify locally circulating variants. This study aims to describe the distribution, genetic diversity, evolution, and origin of SARS-CoV-2 lineages circulating in Guinea during the pandemic of COVID-19.<\/p>\n\n\n\n
We perform introduction analysis by selecting all high-quality sequences generated in Guinea for each variant of concern and merged it with the background data retrieved from GISAID on December 17th, 2023. We infer time-scaled phylogenetic, and phylogeographic reconstruction using IQ-TREE v2.2.6 and Treetime v0.11.2.<\/p>\n\n\n\n
From March 2020 to December 2023, 1038 sequences were generated in Guinea and submitted to GISAID database. 73.12% corresponded to variants of concern including (Omicron 69.39%, Delta 21.90%, Alpha 6.60% and Eta 2.11%). Others variants accounted for 26.88%. 873\/1038 (84.2%) of sequences were obtained from Conakry patients, 15.7% from the rest of the country. Mutational analysis showed that the majority of mutations were located in the spike protein region (S) followed by the ORF1a and nucleocapsid (N). The most frequent mutations were D614G, P314L, P681H, T478K, and N501Y. Of the total number of VOC (Alpha, Delta, Eta, BA.1, BA.2, BA.5, XBB) and B.1 analysed, 106 were imported into Guinea from different countries around the world. The majority (34.29 %) came from European countries, followed by Africa (28.57%) and Asia (18.10%).
Genomic surveillance has revealed the diversity of SARS-CoV-2 variants circulating in Guinea, helped to understand the dynamics of the pandemic, and contributed to the implementation of vaccination and response strategies.
Plateforme du s\u00e9quen\u00e7age \u00e0 l\u2019Institut Pasteur de Guin\u00e9e<\/strong>, Fatoumata CISSE, Institut Pasteur de Guin\u00e9e, Guin\u00e9e
Avec l\u2019av\u00e8nement de l\u2019\u00e9pid\u00e9mie COVID, l\u2019IPGui a \u00e9t\u00e9 impliqu\u00e9 dans le diagnostic et le suivie de patients qui a satur\u00e9 les capacit\u00e9s du laboratoire. Initialement les \u00e9chantillons diagnostiqu\u00e9s positifs \u00e0 l\u2019IPGui de mars 2020 \u00e0 juillet 2021 ont \u00e9t\u00e9 envoy\u00e9 \u00e0 l\u2019IP de Dakar pour le s\u00e9quen\u00e7age.
Suite \u00e0 la formation du personnel par la CIBU (IP Paris) sur l\u2019utilisation du MinION en mars 2021, le s\u00e9quen\u00e7age \u00e0 l\u2019IPGui proprement dit a d\u00e9but\u00e9 fin 2021 initialement uniquement pour caract\u00e9riser les variants COVID. Depuis mi-2022, l\u2019Institut Pasteur de Guin\u00e9e dispose de deux plateformes de s\u00e9quen\u00e7age, l\u2019une bas\u00e9e sur la technologie Oxford Nanopore sur le MinION, et l\u2019autre sur la technologie Illumina avec un iSeq 100, toutes deux financ\u00e9es par AFROSCREEN.
Parall\u00e8lement au suivie des variants de SARS-CoV-2 dans les \u00e9chantillons nasopharyng\u00e9s et dans les eaux us\u00e9es, le s\u00e9quen\u00e7age a \u00e9t\u00e9 \u00e9tendue \u00e0 d\u2019autre virus d\u2019int\u00e9r\u00eats en sant\u00e9 publique soit les virus de la rougeole, de la rub\u00e9ole, de la rage et de l\u2019h\u00e9patite E chez l\u2019homme et chez l\u2019animal.
Enfin la plateforme participe au g\u00e9notypage des micromammif\u00e8res en s\u00e9quen\u00e7ant le cytochrome B pour des programmes \u00ab One Health \u00bb de caract\u00e9risation des risques d\u2019\u00e9mergences de nouveaux (ou anciens) virus pathog\u00e8nes en Guin\u00e9e.
En conclusion, le suivie des variants COVID par s\u00e9quen\u00e7age dans le cadre du projet AFROSCREEN nous ont permis d\u2019acqu\u00e9rir l\u2019expertise n\u00e9cessaire \u00e0 la r\u00e9alisation exp\u00e9rimentale sur les deux plateformes, l\u2019optimisation des proc\u00e9dures et leur adaptation \u00e0 diff\u00e9rentes questions de recherche ainsi que les bases de bio-informatique pour comprendre le fonctionnement des pipelines et l\u2019analyse des s\u00e9quences obtenus par analyse phylog\u00e9n\u00e9tique.
Analyse comparative des techniques de criblage et de s\u00e9quen\u00e7age pour la d\u00e9tection des variants du SRAS-CoV-2 en Guin\u00e9e<\/strong>, Haby DIALLO, Centre de recherche et de formation en infectiologie de Guin\u00e9e (CERFIG), Guin\u00e9e
Contexte : Le test RT-PCR est la m\u00e9thode de r\u00e9f\u00e9rence pour le diagnostic de l\u2019infection \u00e0 SRAS-CoV-2. Il joue, avec le s\u00e9quen\u00e7age, un r\u00f4le majeur dans la d\u00e9tection et la surveillance des mutations importantes qui sont \u00e0 l\u2019origine de l\u2019apparition de nouveaux variants du virus. Nous avons compar\u00e9 les r\u00e9sultats du test d\u2019analyse des courbes de fusion (RT-qPCR\/HRM) au s\u00e9quen\u00e7age Illumina pour la d\u00e9tection des variants du SRAS-CoV-2.
Mat\u00e9riel et m\u00e9thodes: Les analyses ont \u00e9t\u00e9 r\u00e9alis\u00e9es au laboratoire du Centre de recherche et de formation en infectiologie de Guin\u00e9e. Les \u00e9chantillons positifs au SRAS-CoV-2 ont \u00e9t\u00e9 cribl\u00e9s en utilisant le Kit Innovative Diagnostic, ciblant les mutations N501Y, E484K\/Q, K417N, L452R\/Q, DEL6970 et P681H\/R. Puis le s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome entier a \u00e9t\u00e9 effectu\u00e9 en utilisant la plateforme Illumina Iseq100. Les r\u00e9sultats des deux m\u00e9thodes ont \u00e9t\u00e9 compar\u00e9s.
R\u00e9sultats : Notre comparaison porte sur 239 \u00e9chantillons cribl\u00e9s et s\u00e9quenc\u00e9s. Le criblage a ressorti des r\u00e9sultats interpr\u00e9tables pour 218 \u00e9chantillons. Apr\u00e8s s\u00e9quen\u00e7age, 180 \u00e9chantillons pr\u00e9sentaient une couverture >= 70. Le nombre d\u2019\u00e9chantillons cribl\u00e9s interpr\u00e9tables et ceux pr\u00e9sentant une bonne couverture (sup. ou \u00e9gale \u00e0 70) au s\u00e9quen\u00e7age \u00e9tait de 161. Sur ce total, 132 \u00e9chantillons cribl\u00e9s ont abouti \u00e0 l\u2019identification d\u2019un variant soit une concordance de 82% avec les r\u00e9sultats de s\u00e9quen\u00e7age et une valeur pr\u00e9dictive positive \u00e0 80%.
Conclusion : La m\u00e9thode de criblage a permis de suivre l\u2019\u00e9volution des variants circulants en l\u2019absence de sous-typage du variant avec le s\u00e9quen\u00e7age. Ce qui en fait un outil important pour la surveillance g\u00e9nomique du SRAS-CoV-2.
S\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome complet du virus de la Rougeole en Guin\u00e9e 2022-2024.<\/strong>, Reine Salom\u00e9 ANGUINZE YEGBIA, Institut Pasteur de Guin\u00e9e, Guin\u00e9e
La Rougeole maladie infectieuse caus\u00e9e par un virus de la famille de Paramyxoviridae du genre Morbillivirus, premi\u00e8re cause de mortalit\u00e9 infantile malgr\u00e9 l\u2019existence d\u2019un vaccin reste un d\u00e9fi majeur. En 2022 au total, 9 millions de cas et 136 000 d\u00e9c\u00e8s, principalement chez les enfants, ont \u00e9t\u00e9 signal\u00e9s selon l\u2019OMS et 33 millions d\u2019enfants n\u2019ont pas re\u00e7u de vaccin contre la rougeole. Le taux mondial de couverture vaccinale de la premi\u00e8re dose \u00e9tait de 83 %, loin du seuil de 95 % n\u00e9cessaire pour pr\u00e9venir les \u00e9pid\u00e9mies.<\/p>\n\n\n\n
Dans ce contexte de r\u00e9surgence des \u00e9pid\u00e9mies de rash rougeoleux, la Guin\u00e9e a recens\u00e9 plus de 6000, 13000 et 23000 cas en 2020,2021,2022 respectivement . Une \u00e9tude r\u00e9cente au dispensaire St Gabriel a montr\u00e9 une couverture vaccinale tr\u00e8s faible (66,5%) chez les enfants de moins de 5 ans dans la commune de Ratoma \u00e0 Conakry . En dehors du d\u00e9ficit de vaccination, de tels chiffres am\u00e8nent \u00e0 s\u2019interroger sur les souches de virus responsables de ces \u00e9pid\u00e9mies de rash rougeoleux et sur l\u2019efficacit\u00e9 et l\u2019extension r\u00e9elle des campagnes vaccinales r\u00e9alis\u00e9es en avril 2022 pour pr\u00e9venir les prochaines r\u00e9\u00e9mergences. Ce travail a pour objectif d\u2019identifier et conserver une tra\u00e7abilit\u00e9 des souches virales Rougeole responsables des rebonds \u00e9pid\u00e9miques (g\u00e9nome entier) en Guin\u00e9e.<\/p>\n\n\n\n
Nous disposons des \u00e9chantillons positifs obtenus par une m\u00e9thode \u00e9conomique robuste et non invasive de diagnostic sur les pr\u00e9l\u00e8vements de salive (Anguinze RS et al.,2024). Ils proviennent essentiellement du dispensaire Saint Gabriel. Pour le s\u00e9quen\u00e7age complet du virus avec la m\u00e9thode MinION (ONT), nous avons optimis\u00e9 un jeu d\u2019amorces sp\u00e9cifiques avec PrimalScheme pour obtenir des fragments environ 1 Kb, couvrant aussi la zone hypervariable du virus.
A ce jour, 31 s\u00e9quences int\u00e9grales du virus de la Rougeole sont disponibles incluant la p\u00e9riode post-\u00e9pid\u00e9mique de 2023 et le rebond de 2024. La couverture moyenne est sup\u00e9rieure \u00e0 98,23 % avec une profondeur variant de 5,899.328 \u00e0 23,347. L\u2019analyse phylog\u00e9n\u00e9tique des s\u00e9quences confirme une circulation du g\u00e9notype B3 de la rougeole de 2022 \u00e0 2024 avec un certain nombre de cluster. En conclusion, la circulation continue de la rougeole chez les enfants en Guin\u00e9e appelle au renforcement de la vaccination. L\u2019 \u00e9tude des marqueurs de pression de s\u00e9lection est en cours.
Surveillance du SARS-CoV-2 en 2022-2024 dans les eaux us\u00e9es de Conakry, Guin\u00e9e<\/strong>, Yann Le pennec, Institut Pasteur de Guin\u00e9e , Guin\u00e9e
La R\u00e9publique de Guin\u00e9e, en Afrique de l\u2019Ouest, fait face \u00e0 d\u2019importants d\u00e9fis de sant\u00e9 publique en raison de son syst\u00e8me de sant\u00e9 aux ressources limit\u00e9es. La pand\u00e9mie de Covid-19 a mis en \u00e9vidence l\u2019importance de la surveillance des eaux us\u00e9es comme solution \u00e9conomique pour suivre le SARS-CoV-2.
Contrairement \u00e0 l\u2019Europe, qui dispose de stations d\u2019\u00e9puration centralis\u00e9es, en Guin\u00e9e le r\u00e9seau d\u2019eaux us\u00e9es est souvent limit\u00e9 et endommag\u00e9. Notre \u00e9tude visait \u00e0 d\u00e9montrer la faisabilit\u00e9 du suivi du SARS-CoV-2 dans les eaux us\u00e9es guin\u00e9ennes.
Depuis janvier 2022, nous pr\u00e9levons de l\u2019eau sur 10 sites, comprenant les fosses septiques d\u2019un h\u00f4pital et les bassins collecteurs des diff\u00e9rents r\u00e9seaux \u00e0 Conakry. En optimisant les m\u00e9thodes d\u2019extraction et de d\u00e9tection par qPCR, nous avons analys\u00e9 350 \u00e9chantillons entre 2022 et 2024. Bien que principalement qualitative, la d\u00e9tection du SARS-CoV-2 a suivi les fluctuations du taux de positivit\u00e9 des tests dans la population. Contrairement au nombre limit\u00e9 de tests effectu\u00e9s en population \u00e0 partir d\u2019avril 2023, l\u2019analyse des eaux us\u00e9es a r\u00e9v\u00e9l\u00e9 une pr\u00e9sence significative de SARS-CoV-2.
Le s\u00e9quen\u00e7age avec la plateforme Minion et Illumina Iseq 100 a permis de g\u00e9notyper le SARS-CoV-2 dans les eaux us\u00e9es. La profondeur de s\u00e9quen\u00e7age et le taux de couverture sont li\u00e9s \u00e0 la charge virale apparente (Ct), mais avec de grandes variations en fonction des dates et des g\u00e9notypes en cause. \u00c0 une exception pr\u00e8s, les g\u00e9notypes observ\u00e9s dans les eaux us\u00e9es sont simultan\u00e9ment observ\u00e9s dans les pr\u00e9l\u00e8vements nasopharyng\u00e9s.
Appel \u00e0 la poursuite de la surveillance g\u00e9nomique des agents pathog\u00e8nes \u00e9mergents et r\u00e9\u00e9mergents dans le contexte de la fin du COVID-19 en Guin\u00e9e<\/strong>, Jean-Jacques Olivier KADIO, Centre de recherche et de formation en infectiologie de Guin\u00e9e (CERFIG), Guin\u00e9e
Objectif <\/em>
L\u2019objectif de cette \u00e9tude est d\u2019alerter les acteurs de la sant\u00e9 publique sur la n\u00e9cessit\u00e9 de maintenir la surveillance des pathog\u00e8nes \u00e9mergents et r\u00e9-\u00e9mergents dans le contexte de la fin du COVID-19.<\/p>\n\n\n\n
M\u00e9thodes<\/em>
Il s\u2019agissait d\u2019une \u00e9tude utilisant une approche de surveillance sentinelle qui s\u2019est d\u00e9roul\u00e9e dans des structures sanitaires (sites sentinelles) de la ville de Conakry identifi\u00e9s dans le cadre du projet AFROSCREEN. Les personnes (adultes ou enfants) suspects de l\u2019infection par le SARS-CoV-2 ont \u00e9t\u00e9 interrog\u00e9es et pr\u00e9lev\u00e9s \u00e0 l\u2019aide d\u2019\u00e9couvillons nasopharyng\u00e9s entre Octobre 2022 \u00e0 Avril 2024. Les \u00e9chantillons nasophayng\u00e9s ont \u00e9t\u00e9 analys\u00e9s au laboratoire de virologie du Centre de Recherche et de Formation en Infectiologie de Guin\u00e9e (CERFIG).<\/p>\n\n\n\n
R\u00e9sultats <\/em>
Au cours des mois de d\u00e9cembre 2023 et janvier 2024, 135 \u00e9couvillons nasopharyng\u00e9s ont \u00e9t\u00e9 pr\u00e9lev\u00e9s et test\u00e9s, dont 15 cas positifs, parmi lesquels 4 ont \u00e9t\u00e9 s\u00e9quenc\u00e9s par s\u00e9quen\u00e7age de nouvelle g\u00e9n\u00e9ration (NGS). Les r\u00e9sultats du s\u00e9quen\u00e7age de ces quatre \u00e9chantillons positifs a r\u00e9v\u00e9l\u00e9 le sous-variant Omicron Pirola BA.2.86. L\u2019\u00e2ge m\u00e9dian \u00e9tait de 30 ans (IQR : 22-58), et le plus grand nombre \u00e9tait \u00e2g\u00e9 de 15-50 ans (56%) et de 51-93 ans (28%). Les sympt\u00f4mes les plus fr\u00e9quents \u00e9taient la toux (94 %), les frissons (93 %), les c\u00e9phal\u00e9es (75 %) et la fi\u00e8vre (72 %). Les autres sympt\u00f4mes comprenaient l\u2019asth\u00e9nie (55%), l\u2019asthralgie (36%), l\u2019anosmie (32%), l\u2019\u00e2gisme (32%) et la dyspn\u00e9e (30%). Les ant\u00e9c\u00e9dents m\u00e9dicaux les plus fr\u00e9quents \u00e9taient la tuberculose (16 %), l\u2019hypertension (13 %) et le diab\u00e8te (6,6 %). Parmi les suspects, 38 % avaient \u00e9t\u00e9 vaccin\u00e9s. En ce qui concerne les caract\u00e9ristiques de l\u2019exposition, 63 % des individus avaient \u00e9t\u00e9 en contact avec des personnes pr\u00e9sentant des sympt\u00f4mes similaires. Par ailleurs, 21 % des personnes ont particip\u00e9 \u00e0 des rassemblements de masse. En ce qui concerne la gravit\u00e9 de la maladie, plus des deux tiers des patients pr\u00e9sentaient une maladie mod\u00e9r\u00e9e et 8,3 % une maladie grave. Les valeurs m\u00e9dianes des seuils de CT \u00e9taient de 29,60 (IQR : 19-33,9) pour le g\u00e8ne E et de 28,80 (IQR : 18,95-34,65) pour le g\u00e8ne N. L\u2019analyse a r\u00e9v\u00e9l\u00e9 deux groupes pour nos s\u00e9quences, ce qui montre qu\u2019il y aurait eu deux introductions diff\u00e9rentes. Nos s\u00e9quences sont proches de la souche SARS-CoV-2 Pirola de Hongrie et de Russie en Europe et de Chine en Asie.<\/p>\n\n\n\n
Conclusion <\/em>
La d\u00e9couverte des sous-lign\u00e9es du variant Pirola BA.2.86 en Guin\u00e9e et les pr\u00e9visions de sa progression en Afrique n\u00e9cessitent une attention particuli\u00e8re \u00e0 ce sujet et \u00e0 la vigilance des syst\u00e8mes de surveillance \u00e9pid\u00e9miologique de nos pays face \u00e0 cette menace pour la sant\u00e9 publique.
La surveillance de la circulation du SARS-CoV-2 chez les cas d\u2019infections respiratoires aig\u00fces s\u00e9v\u00e8res (IRAS) \u00e0 Antananarivo Madagascar<\/strong>, Rila Ratovoson, Institut Pasteur de Madagascar, Madagascar
A Madagascar, la COVID-19 a atteint plus de 68 000 cas entre 2020 \u00e0 2024. Bien que certains variants aient bien diffus\u00e9, l\u2019\u00e9mergence de nouvelles mutations \u00e9tait \u00e0 craindre et n\u00e9cessite de renforcer la surveillance pour alerter sur les nouvelles caract\u00e9ristiques \u00e9pid\u00e9miologiques et les nouveaux risques des variants afin d\u2019affiner les r\u00e9ponses \u00e0 apporter pour contr\u00f4ler leurs diffusions. L\u2019objectif g\u00e9n\u00e9ral du volet \u00e9pid\u00e9miologique du projet AFROSCREEN est de d\u00e9crire les principales caract\u00e9ristiques cliniques, \u00e9pid\u00e9miologiques et virologiques des cas d\u2019infection par les variants du SARS-CoV-2 (VOI\/ VOC) d\u00e9tect\u00e9s afin d\u2019\u00e9clairer l\u2019\u00e9laboration et la mise \u00e0 jour des orientations de sant\u00e9 publique pour g\u00e9rer les cas et r\u00e9duire la propagation et l\u2019impact potentiel des variants sur les populations. Une surveillance sentinelle et une \u00e9tude de leurs transmissions dans le cadre familial ont \u00e9t\u00e9 r\u00e9alis\u00e9es. Les centres hospitaliers universitaires Anosiala, Befelatanana et Soavinandriana sont impliqu\u00e9s dans la surveillance chez les cas IRAS. L\u2019\u00e9tude prospective visant \u00e0 investiguer les cas primaires et leurs contacts intradomiciliaires \u00e9tait propos\u00e9e aux cas confirm\u00e9s quand ils r\u00e9pondaient aux crit\u00e8res d\u2019\u00e9ligibilit\u00e9. De juillet 2022 \u00e0 f\u00e9vrier 2024, 1107 cas d\u2019IRAS ont \u00e9t\u00e9 pr\u00e9lev\u00e9s dont 45 (4,2%) \u00e9taient positifs au COVID-19 ; 4 cas primaires et 17 contacts familiaux ont \u00e9t\u00e9 inclus. Les s\u00e9quen\u00e7ages r\u00e9alis\u00e9s ont montr\u00e9 la circulation des sous-variants d\u2019Omicron. Malgr\u00e9 les d\u00e9fis rencontr\u00e9s dans la mise en place du projet AFROSCREEN, les r\u00e9sultats contribueront \u00e0 fournir aux autorit\u00e9s sanitaires nationales un socle d\u2019informations pour conduire les strat\u00e9gies de pr\u00e9vention et de lutte contre une \u00e9pid\u00e9mie.
Etude de la Diversit\u00e9 des Variants SRAS-CoV-2 par la RT-PCR de Criblage au Mali<\/strong>, Rabiatou SANOGO, INSP, Mali
Introduction : L\u2019\u00e9pid\u00e9mie de COVID-19 a d\u00e9but\u00e9 au Mali en Mars 2020. Le s\u00e9quen\u00e7age du SRAS-CoV-2 indispensable pour la surveillance mol\u00e9culaire n\u00e9cessite un plateau technique et de la ressource humaine form\u00e9e. La RT-PCR de criblage offre une alternative simple pour l\u2019identification des variants. L\u2019objectif de cette \u00e9tude est de d\u00e9terminer la diversit\u00e9 des variants du SRAS-Cov-2 circulant au Mali par la RT-PCR de criblage.<\/p>\n\n\n\n
M\u00e9thodologie : Il s\u2019agit d\u2019une \u00e9tude transversale qui s\u2019est d\u00e9roul\u00e9e de novembre 2021 \u00e0 Janvier 2022 portant sur des \u00e9chantillons positifs de ct inf\u00e9rieur \u00e0 33. Il repose sur la d\u00e9termination de 8 mutations pr\u00e9dictives de variant sur le g\u00e8ne S par la technique de courbe de fusion. Le DI SARS-CoV-2 MOC\/I Multiplex (CE-IVD) a \u00e9t\u00e9 utilis\u00e9 et les r\u00e9sultats ont \u00e9t\u00e9 interpr\u00e9t\u00e9s sur le logiciel DISoft\u2122 3.0.0 d\u00e9velopp\u00e9 \u00e0 cet effet.<\/p>\n\n\n\n
R\u00e9sultats : Sur 295 \u00e9chantillons positifs, 5 types de mutations pr\u00e9dictives de variant ont \u00e9t\u00e9 d\u00e9tect\u00e9s notamment K417N, P681H\/R, L452R\/Q, N501Y, E484K\/Q correspondant essentiellement aux variants Omicron (48,8%) et Delta (30,5%). D\u2019autres profiles de mutations non attribuables \u00e0 un variant ont \u00e9t\u00e9 retrouv\u00e9s chez 14,2 % des cas.<\/p>\n\n\n\n
Conclusion : Cette \u00e9tude a r\u00e9v\u00e9l\u00e9 que la RT-PCR de criblage permet la d\u00e9tection pr\u00e9dictive des variants et peut \u00eatre utilis\u00e9e en alternative dans la surveillance au niveau r\u00e9gional.
Diagnostic mol\u00e9culaire des pathologies respiratoires d\u2019origine virale sur les pr\u00e9l\u00e8vements nasopharyng\u00e9s au laboratoire du CHU-Point G<\/strong>, Drissa Kon\u00e9, Laboratoire, H\u00f4pital Point G, Mali
Introduction : Les \u00e9tiologies des pathologies respiratoires infectieuses sont extr\u00eamement vari\u00e9es et comprennent les bact\u00e9ries, les virus et les champignons. L\u2019int\u00e9r\u00eat de ce travail \u00e9tait de diagnostiquer certains pathog\u00e8nes viraux responsables par des m\u00e9thodes mol\u00e9culaires.
M\u00e9thodologie : Il s\u2019agissait d\u2019une \u00e9tude r\u00e9trospective et analytique allant de d\u00e9cembre 2021 \u00e0 novembre 2022 sur 91 patients au laboratoire du CHU Point G.
Des \u00e9chantillons nasopharyng\u00e9s SARS-Cov 2 positif ont \u00e9t\u00e9 inclus sur lesquels une nouvelle extraction suivie d\u2019amplification ont \u00e9t\u00e9 r\u00e9alis\u00e9es
R\u00e9sultats : Le sexe masculin \u00e9tait dominant avec 53,8%. La majorit\u00e9 avait un \u00e2ge > 50 ans soit 50,5% avec une 48,36 \u00b1 20,83 ans et des extr\u00eames de 1 et 85 ans. Les r\u00e9sidents \u00e0 Bamako repr\u00e9sentaient 56%. Les professions les plus repr\u00e9sent\u00e9es \u00e9taient les \u00e9l\u00e8ves et les fonctionnaires avec respectivement 12,1% et 11%. La majeure partie des patients (49,5%) provenaient du centre de Tri de l\u2019h\u00f4pital. Les signes fonctionnels les plus fr\u00e9quents \u00e9taient la toux (25,3%), la fi\u00e8vre (14,3%), la rhinorrh\u00e9e (11%) et la dyspn\u00e9e (9,9%). Les \u00e9chantillons restest\u00e9s \u00e9taient positif (100% SARS-Cov 2) avec 6,6% de coinfections avec l\u2019Infuenza virus. Les vir\u00e9mies (CT moyens) de SARS-COV-2 et influenza virus \u00e9taient 29,5 \u00b1 5,3 et 34,4\u00b1 3,3
Conclusion : Lors de l\u2019\u00e9pid\u00e9mie du coronavirus plusieurs autres virus respiratoires auraient \u00e9galement circul\u00e9 et caus\u00e9 des complications. Une autre \u00e9tude serait n\u00e9cessaire pour mieux \u00e9tayer cette question
Contribution of the Afroscreen project in the implementation of genomic pathogens surveillance in Niger,<\/strong> Adamou Lagare, CERMES, Niger
Whole genome sequencing has been beneficial for public health surveillance in identifying outbreaks and improve early detection of emerging infectious diseases. In Africa, the COVID-19 pandemic has boosted sequencing capacity, thus, allowing many countries to implement this novel approach. In Niger Republic, pathogen sequencing strategy was initiated in 2021 to monitor the SARS-CoV-2 variants evolution through samples shipment to collaborating reference laboratories under the REPAIR project. However, since 2022, local capacity on sequencing and bioinformatic was supported by the Afroscreen project allowing to improve staff knowledge, rehabilitation of the genomic platform and acquisition of reagents and equipments. For instance, a total of 138 SARS-CoV-2 genomes were sequenced and deposited on GISAID. Furthermore, in collaboration with IP Dakar, other emerging pathogens including dengue virus and hepatitis E virus were also sequenced. These data were essential to inform public health authority for appropriate control measures
Identification of the SARS-COV-2\/XBB.1.5 sublineage among indigenous COVID-19 cases through the influenza sentinel surveillance system in Niger<\/strong>, Adamou Lagare, CERMES, Niger
The emergence of the Omicron variant in November 2021, has caused panic worldwide due to the rapid evolution and the ability of the virus to escape the immune system. Since, several Omicron sublineages (BA.1 to BA.5) and their descendent recombinant lineages have been circulating worldwide. Furthermore, in December 2022, a new Omicron subvariant XBB.1.5 characterized by an unusual mutation in the spike protein evolved in the United States and rapidly spread to the other continents. Our study reports on the first cases of XBB.1.5 sublineage among indigenous Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-COV-2) positive cases detected through the influenza sentinel surveillance system in Niger. All influenza suspected cases were tested for both influenza and SARS-COV-2 using the Centre for Disease Control and prevention (CDC) Influenza SARS-COV-2 Multiplex quantitative Reverse-Transcription Polymerase Chain Reaction (qRT-PCR) Assay. SARS-COV-2 positive samples with cycle threshold \u226428 were selected for whole genome sequencing subsequently using the Oxford Nanopore Midnight protocol with rapid barcoding on a MinIon MK1B device. A total of 51 SARS-COV-2 positive samples were confirmed between December 2022 and March 2023. We successfully obtained 19 sequences with a predominance of the XBB.1\/XBB.1.5 sublineages (73.7 %). In addition, a recombinant XBD sequence was also first-ever identified in early March 2023. Our findings support the need to strengthen the influenza sentinel surveillance for routine Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) surveillance and SARS-COV-2 variants monitoring in Niger.
Surveillance \u00e9pid\u00e9miologique du SARS-CoV-2 en milieu communautaire et hospitalier \u00e0 Niamey, Niger<\/strong>, Ramatoulaye HAMIDOU LAZOUMAR, CERMES, Niger
Introduction : La surveillance \u00e9pid\u00e9miologique en milieu communautaire et urbain permet la recherche active des cas et la mise en place des mesures pr\u00e9ventives pour prot\u00e9ger l\u2019entourage du patient.<\/p>\n\n\n\n
M\u00e9thodologie : Le r\u00e9seau de surveillance \u00e9tait constitu\u00e9 de six sites sentinelles dont cinq en milieu communautaire, les Centres de Sant\u00e9 Int\u00e9gr\u00e9s (CSI) et un en milieu hospitalier, H\u00f4pital National de Niamey (HNN). La surveillance s\u2019est d\u00e9roul\u00e9e de juillet 2022 \u00e0 Mars 2024. Les patients consentant, pr\u00e9sentant des signes cliniques en faveur de Covid-19 \u00e9taient inclus. Les caract\u00e9ristiques sociod\u00e9mographiques, ATCD et signes cliniques ont \u00e9t\u00e9 collect\u00e9s. Pr\u00e9l\u00e8vements nasopharyng\u00e9 et sanguin avaient \u00e9t\u00e9 effectu\u00e9s. Si PCR positive, un suivi intrafamilial a \u00e9t\u00e9 effectu\u00e9. La saisie, les analyses descriptives, bi vari\u00e9es et multi vari\u00e9es avaient \u00e9t\u00e9 effectu\u00e9es respectivement sur Excel et Rstudio. Le seuil de significativit\u00e9 de 5% \u00e9tait retenu.<\/p>\n\n\n\n
R\u00e9sultats : 947 sujets avaient \u00e9t\u00e9 inclus. PCR \u00e9tait positive dans 1.47%. HNN (56,17%), les CSI recasement (16.47%) et Banga Bana (12.13%) avaient notifi\u00e9s plus de cas suspects de Covid-19. Tranche d\u2019\u00e2ge 15-50 ans 53.54% \u00e9tait pr\u00e9dominante. Sexe masculin repr\u00e9sentait 55,97%. La toux (80.04%), dyspn\u00e9e (46.25%), fi\u00e8vre (44.46%) et c\u00e9phal\u00e9es (38,01%) \u00e9taient plus fr\u00e9quentes. Les positifs \u00e9taient plus fr\u00e9quents chez les patients de 0-5 ans, 5-15 ans et les plus de 50 ans. Des corr\u00e9lations \u00e9taient observ\u00e9es entre les vomissements (p=0.007), perte d\u2019app\u00e9tit (p=0.04), cancer (p=0,0009) et la positivit\u00e9 \u00e0 la Covid-19.<\/p>\n\n\n\n
Conclusion : La transmission de la Covid-19 est faible \u00e0 Niamey. Les sympt\u00f4mes associ\u00e9s sont les vomissements et la perte d\u2019app\u00e9tit.
D\u00e9fis de la d\u00e9centralisation et Bilan de la surveillance g\u00e9nomique du SARS-Cov2 dans la province du Lualaba<\/strong>, Prince AKIL, INRB, RDC
Objectif\u202f:
Au d\u00e9but des\u202fann\u00e9es 2020, une\u202fmaladie infectieuse \u00e9mergente\u202fmajeure de type\u202fzoonose\u202fvirale caus\u00e9e par la\u202fsouche\u202fde\u202fcoronavirus\u202fSARS-CoV-2 (Covid-19) est une\u202fpand\u00e9mie. De nombreux variants apparus successivement depuis le d\u00e9but de la pand\u00e9mie compliquent le tableau, concernant notamment les risques de r\u00e9infection et l\u2019efficacit\u00e9 \u00e0 terme des diff\u00e9rents vaccins.
La R\u00e9publique D\u00e9mocratique du Congo (RDC) a enregistr\u00e9 son premier cas de COVID-19 le 10 mars 2020. La d\u00e9centralisation du diagnostic mol\u00e9culaire ayant pris du temps, les premiers cas de COVID-19 de la province de Lualaba ont \u00e9t\u00e9 enregistr\u00e9s 3 mois plus tard, soit le 25 juin 2020 avec comme \u00e9picentres les zones de sant\u00e9 de Dilala et celle de Fungurume. Au fil du temps, la province qui est l\u2019une des portes d\u2019entr\u00e9e principales du Sud a connu une mont\u00e9e vertigineuse des cas de COVID-19.
Il a fallu passer en revue les performances qualitatives obtenues dans le syst\u00e8me mise en \u0153uvre dans le cadre de la riposte de Covid-19 qui a eu \u00e0 boulevers\u00e9 le syst\u00e8me mondial.
Mat\u00e9riels et M\u00e9thodes\u202f:
Les \u00e9chantillons ont \u00e9t\u00e9 recueillis chez des patients r\u00e9pondant \u00e0 la d\u00e9finition des cas selon l\u2019OMS, puis envoy\u00e9s au laboratoire pour le diagnostic mol\u00e9culaire par RT-PCR. Les \u00e9chantillons positifs ayant un CT <30 ont \u00e9t\u00e9 s\u00e9quenc\u00e9 sur la plate-forme Illumina (protocole Covidseq) et Nanopore (protocole midnight). Les s\u00e9quences obtenues gr\u00e2ce aux pipelines Artic et GeVarLi ont \u00e9t\u00e9 soumises sur nextclade et pangolin pour l\u2019assignation de lign\u00e9es.
R\u00e9sultats\u202f:
Depuis 2021 \u00e0 ce jour, un total de 155 \u00e9chantillons l\u2019INRB a r\u00e9ceptionn\u00e9 au total 115 \u00e9chantillons de Sars-cov-2 en provenance de la province du Lualaba dans le cadre de la surveillance g\u00e9nomique et une \u00e9quipe de l\u2019INRB est descendue \u00e0 Lualaba en janvier 2023 pour la prise de la main de l\u2019\u00e9quipe local et le s\u00e9quen\u00e7age de 40 \u00e9chantillons positifs a \u00e9t\u00e9 fait. Jusqu\u2019\u00e0 ce jour pour la surveillance Sars-Cov2 au Lualaba 101 cas (65%) \u00e9taient de sexe masculin et 54 cas (35%) de sexe f\u00e9minin. La moyenne d\u2019\u00e2ge \u00e9tait de 33ans. Tous ces \u00e9chantillons \u00e9taient des swab.
Apr\u00e8s le s\u00e9quen\u00e7age les diff\u00e9rentes analyses bio-informatique ont \u00e9t\u00e9 faites avec le pipeline Artic-Wrapper pour la plateforme Nanopore et Gevarli pour la plateforme Illumina. Ces derniers nous r\u00e9v\u00e8le les diff\u00e9rents variants couvre cette r\u00e9gion\u202f:
Omicron \u00e0 64%
Alpha \u00e0 17%
Delta \u00e0 15%
Beta \u00e0 4%
Conclusion\u202f:
Le s\u00e9quen\u00e7age g\u00e9nomique est un moyen qui a beaucoup aid\u00e9 pour la surveillance mais aussi pour la riposte \u00e0 la Covid 19, la disponibilit\u00e9 des r\u00e9actifs et consommables sont d\u2019une grande importance pour r\u00e9ponse \u00e0 temps r\u00e9el, il faut aussi l\u2019\u00e9quiper les personnels qui sont \u00e0 Lualaba.
Bilan de la surveillance g\u00e9nomique de la pand\u00e9mie de SARS-CoV-2 en R\u00e9publique D\u00e9mocratique du Congo, d\u00e9fis et perspectives<\/strong>, Prince AKIL, INRB, RDC
Objectifs : Depuis d\u00e9cembre 2019, le monde a \u00e9t\u00e9 boulevers\u00e9 par l\u2019\u00e9mergence du SARS-CoV-2 qui s\u2019est r\u00e9pandu au travers de toute la plan\u00e8te. Tr\u00e8s vite, la publication de la premi\u00e8re s\u00e9quence a permis la caract\u00e9risation de la souche et la mise en place des vaccins et th\u00e9rapies. En RDC, le premier cas a \u00e9t\u00e9 confirm\u00e9 le 10 mars 2020 et la premi\u00e8re s\u00e9quence rendu publique 2 semaines plus tard. Au cours de la pand\u00e9mie \u00e0 Covid-19, l\u2019\u00e9mergence des variants d\u2019int\u00e9r\u00eat a rendu n\u00e9cessaire la poursuite et l'intensification de la surveillance g\u00e9nomique. Ce travail nous a permis donc de discuter du r\u00f4le du s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome entier pour appuyer la r\u00e9ponse \u00e0 la pand\u00e9mie et d\u00e9crire la relation entre les mutations et les lign\u00e9es des variants pr\u00e9occupants\/d\u2019int\u00e9r\u00eat du SRAS-CoV-2
M\u00e9thodologie : les \u00e9chantillons d\u2019\u00e9couvillons nasaux ont \u00e9t\u00e9 pr\u00e9lev\u00e9s dans le cadre de la surveillance tant chez les patients cas suspects, que chez les voyageurs. La confirmation s\u2019est effectu\u00e9e au laboratoire des virus respiratoires de l\u2019INRB. Les \u00e9chantillons positifs avec valeurs de CT inf\u00e9rieurs \u00e0 30 ont \u00e9t\u00e9 syst\u00e9matiquement s\u00e9quenc\u00e9s au laboratoire de g\u00e9nomiques de pathog\u00e8nes. Le s\u00e9quen\u00e7age cibl\u00e9 s\u2019est effectu\u00e9 sur la plate-forme Illumina avec les kits Nextera DNA prep ou covidSeq et la plate-forme Nanopore avec les kits midnight. Les analyses bio-informatiques \u00e9taient fonction des plateformes et int\u00e9graient soit le pipeline consensus fasta et Gevarli pour Illumina et Artic pour Nanopore. L\u2019assignation des lign\u00e9es s\u2019est effectu\u00e9e gr\u00e2ce aux logiciels Pangolin et Nextclade et les g\u00e9nomes avec couverture sup\u00e9rieure \u00e0 80% ont \u00e9t\u00e9 soumises sur Gisaid.
R\u00e9sultats : La surveillance g\u00e9nomique a permis de d\u00e9tecter diff\u00e9rents variants d\u2019int\u00e9r\u00eats : en 2021 le variant circulant \u00e9tait Beta (B.1.617.2%) a suivie de variant alpha (B.1.1.7 72%, AY.116 14%, B.1.1.528 14%) et variant delta qui avait plusieurs sous-variants. En 2022 le variant delta AY.46 soit 100%, variant alpha avec comme sous variant B.1.351 et le variant Omicron (BA.4 50%, BA.2 14%, BQ 14%, BA.5 12%, BA.1 6% XXB.1 3%, BF 1%). En 2023 le variant Omicron avec sous variant (BA.4 50%, BA.2 14%, BQ 1. 14% BA.5 12%, BA.1 6%,
XXB.1 3%) et Delta (AY.46).
Conclusion : Nous ne pouvons pas pr\u00e9dire o\u00f9 les nouveaux variants pr\u00e9occupants appara\u00eetront ni compter sur leur d\u00e9tection pr\u00e9coce dans les endroits o\u00f9 la surveillance g\u00e9nomique est forte. Plus nous mettrons en place des syst\u00e8mes de surveillance solides au niveau pays, avec des donn\u00e9es et des liens de qualit\u00e9 \u00e9lev\u00e9e, plus nous serons en mesure de d\u00e9tecter rapidement les nouveaux variants et d\u2019agir en cons\u00e9quence.
Diagnostic syndromique d\u2019\u00e9ruption v\u00e9siculeuses cutan\u00e9o-muqueuses, par PCR-HRM multiplexe caus\u00e9e par les virus Mpox, VZV, HSV-1 et HSV-2, en RDC et en France<\/strong>, Prince AKIL, INRB, RDC
OBJECTIF
Depuis mai 2022, plus de 21 000 cas de variole simienne (MPOX) ont \u00e9t\u00e9 signal\u00e9s en Europe o\u00f9 la maladie n\u2019est pas end\u00e9mique. En 2023, le nombre de cas suspects de MPOX en R\u00e9publique D\u00e9mocratique du Congo (RDC) a doubl\u00e9 par rapport \u00e0 2020 pour atteindre 12 569 cas suspects signal\u00e9s dont 581 cas mortels. MPOX repr\u00e9sente un d\u00e9fi de diagnostique en raison de la diversit\u00e9 des pr\u00e9sentations cliniques. Ces sympt\u00f4mes communs aux virus de l\u2019herp\u00e8s simplex de types 1 et 2 (HSV-1, HSV-2) et au virus de la varicelle\/zona (VZV), complexifie le diagnostic. L\u2019objectif \u00e9tait d\u2019\u00e9tudier la sensibilit\u00e9 et sp\u00e9cificit\u00e9 cliniques comparatives en r\u00e9trospectif dans deux laboratoires distincts, CHU de Montpellier et l\u2019INRB de Kinshasa, avec le kit DIRASH d\u2019AFYIA Diagnostics.<\/p>\n\n\n\n
MATERIELS & METHODES
Deux \u00e9tudes ont \u00e9t\u00e9 men\u00e9es dans le cadre de surveillance des cas d\u2019\u00e9ruptions f\u00e9briles v\u00e9siculeuses cutan\u00e9o-muqueuses de janvier 2021 \u00e0 d\u00e9cembre 2022 par l\u2019\u00e9quipe PCCEI du CHU de Montpellier (n=237) et de d\u00e9cembre 2022 \u00e0 janvier 2024 par l\u2019INRB de Kinshasa (n=259). Au CHU de Montpellier, chaque patient a \u00e9t\u00e9 d\u00e9pist\u00e9 avec le kit RealStar\u00ae alpha Herpesvirus PCR 1.0 (Altona Diagnostics) ciblant VZV, HSV-1 et HSV-2 et une PCR maison pour MPOX. A l\u2019INRB, la d\u00e9tection de MPOX et VZV est r\u00e9alis\u00e9es \u00e0 l\u2019aide de deux PCR maison. Les \u00e9chantillons d\u00e9tect\u00e9s MPOX positifs sont s\u00e9quenc\u00e9s et ceux d\u00e9tect\u00e9s MPOX n\u00e9gatifs sont test\u00e9s pour VZV. Ces \u00e9chantillons ont \u00e9t\u00e9 test\u00e9s r\u00e9trospectivement avec le kit DIRASH dans ses laboratoires.<\/p>\n\n\n\n
RESULTATS
Un total de 496 \u00e9chantillons, pr\u00e9lev\u00e9s entre janvier 2021 et janvier 2024, a \u00e9t\u00e9 test\u00e9s r\u00e9trospectivement avec le kit DIRASH, afin de comparer la sensibilit\u00e9 clinique de ce kit avec celles des kits utilis\u00e9s dans les deux laboratoires partenaires : l\u2019un au CHU de Montpellier en France, et l\u2019autre \u00e0 l\u2019INRB \u00e0 Kinshasa en RDC.<\/p>\n\n\n\n
CONCLUSION
Les r\u00e9sultats de cette \u00e9tude montrent que les sensibilit\u00e9 et sp\u00e9cificit\u00e9 cliniques des PCR (kit multiplexe Altona et PCR MPOX) du CHU de Montpellier sont comparable \u00e0 celles observ\u00e9e avec le kit DIRASH sur le panel d\u2019\u00e9chantillons test\u00e9s.
Le kit DIRASH a r\u00e9v\u00e9l\u00e9 la pr\u00e9sence de plusieurs co-infections (MPOX\/HSV-1, MPOX\/HSV-2 et MPOX\/VZV) ainsi que des \u00e9chantillons positifs MPOX et VZV non r\u00e9v\u00e9l\u00e9e par les tests utilis\u00e9s. Le sous-diagnostic sur les \u00e9chantillons positifs en MPOX explique en partie ces r\u00e9sultats, illustrant l\u2019avantage d\u2019un diagnostic syndromique des \u00e9ruptions cutan\u00e9es f\u00e9briles.
Le kit s\u2019av\u00e8re particuli\u00e8rement adapter pour r\u00e9pondre au besoin crucial de renforcer les moyens de diagnostics en RDC, offrant un test multiplexe rapide, transportable \u00e0 temp\u00e9rature ambiante et de faible co\u00fbt, pour guider la prise en charge des patients et le contr\u00f4le de l\u2019\u00e9pid\u00e9mie.
Nouveau paradigme de l\u2019\u00e9pid\u00e9mie de Mpox dans la province du Sud-Kivu, zone de sant\u00e9 de Kamituga<\/strong>, Prince AKIL, INRB, RDC
Objectif : Le virus de la variole du singe (MPXV) a attir\u00e9 l\u2019attention du monde entier en 2022 lors d\u2019une \u00e9pid\u00e9mie g\u00e9n\u00e9ralis\u00e9e li\u00e9e principalement \u00e0 des contacts sexuels li\u00e9e principalement \u00e0 des contacts sexuels. Le clade I du MPXV est r\u00e9pandu en Afrique centrale et se caract\u00e9rise par une maladie grave et une mortalit\u00e9 \u00e9lev\u00e9e et se caract\u00e9rise par une maladie grave et une mortalit\u00e9 \u00e9lev\u00e9e, tandis que le clade II est confin\u00e9 \u00e0 l\u2019Afrique de l\u2019Ouest et associ\u00e9 \u00e0 une maladie plus b\u00e9nigne.
L\u2019Afrique de l\u2019Ouest et est associ\u00e9 \u00e0 une maladie moins grave. Un MPXV de clade IIb est apparu au Nig\u00e9ria en 2017, avec une transmission interhumaine prolong\u00e9e comme signe, la transmission interhumaine prolong\u00e9e, pr\u00e9curseur de l\u2019\u00e9pid\u00e9mie mondiale de la lign\u00e9e B.1 du clade II en 2022.
En octobre 2023, une vaste \u00e9pid\u00e9mie de MPXV est apparue dans la r\u00e9gion mini\u00e8re de Kamituga en R\u00e9publique d\u00e9mocratique du Congo (RDC), sur laquelle nous avons men\u00e9 une enqu\u00eate.
Mat\u00e9riel et m\u00e9thode : Les donn\u00e9es de surveillance et les dossiers hospitaliers ont \u00e9t\u00e9 collect\u00e9s entre octobre 2023 et janvier 2024. Des \u00e9chantillons de sang et des \u00e9couvillons cutan\u00e9s\/oropharyng\u00e9s ont \u00e9t\u00e9 obtenus pour le diagnostic mol\u00e9culaire effectu\u00e9 \u00e0 l\u2019Institut national de recherche biom\u00e9dicale (INRB) \u00e0 Goma et \u00e0 Kinshasa. Les g\u00e9nomes du MPXV ont \u00e9t\u00e9 s\u00e9quenc\u00e9s et analys\u00e9s \u00e0 l\u2019aide d\u2019Illumina NextSeq1000\/2000 et d\u2019outils bio-informatiques.
R\u00e9sultat : L\u2019\u00e9pid\u00e9mie de mpox de Kamituga s\u2019est rapidement propag\u00e9e, 241 cas suspects ayant \u00e9t\u00e9 signal\u00e9s en l\u2019espace de 5 mois apr\u00e8s le premier cas signal\u00e9. Sur les 108 cas confirm\u00e9s, 29 % \u00e9taient des prostitu\u00e9es, ce qui montre que le contact sexuel est le principal mode d\u2019infection. Le contact sexuel comme mode d\u2019infection cl\u00e9. L\u2019analyse g\u00e9nomique a r\u00e9v\u00e9l\u00e9 une lign\u00e9e MPXV Clade Ib distincte, divergente des souches de Clade I pr\u00e9c\u00e9demment s\u00e9quenc\u00e9es en RDC. La pr\u00e9dominance des mutations de type mutations de type APOBEC3 et la date d\u2019\u00e9mergence estim\u00e9e \u00e0 la mi-septembre 2023 sugg\u00e8rent une transmission interhumaine r\u00e9cente.
Conclusions : Des mesures urgentes, notamment une surveillance renforc\u00e9e et \u00e9largie, la recherche des contacts, des contacts, la prise en charge des cas et la vaccination cibl\u00e9e sont n\u00e9cessaires pour contenir cette nouvelle \u00e9pid\u00e9mie potentielle de clade Ib.
Epid\u00e9mie de Mpox \u00e0 Kinshasa Octobre 2023<\/strong>, Prince AKIL, INRB, RDC
Contexte et Objectifs : L\u2019\u00e9pid\u00e9mie de mpox, maladie caus\u00e9e par le clade I du virus mpox et connue en RDC depuis 1970, se propage rapidement en 2023, touchant de nouvelles zones g\u00e9ographiques au sud et \u00e0 l\u2019est du pays. Dans les provinces o\u00f9 la maladie s\u00e9vit de mani\u00e8re end\u00e9mique par transmission zoonotique et interhumaine, l\u2019incidence et la l\u00e9talit\u00e9 augmentent et la majorit\u00e9 des cas notifi\u00e9s concernent les enfants de moins de 15 ans. L\u2019\u00e9pid\u00e9mie en RDC s\u2019\u00e9tend et des cas sont d\u00e9sormais observ\u00e9s dans des zones consid\u00e9r\u00e9es comme non end\u00e9miques, aussi bien en zone rurale qu\u2019en milieu urbain, comme dans la capitale Kinshasa. 1122 cas suspects de Monkeypox dont 18 cas confirm\u00e9s au laboratoire et un d\u00e9c\u00e8s survenu ont \u00e9t\u00e9 enregistr\u00e9s \u00e0 Kinshasa du mois d\u2019ao\u00fbt jusqu\u2019au mois de novembre 2023. Le s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome des agents pathog\u00e8nes pendant les \u00e9pid\u00e9mies am\u00e9liore la capacit\u00e9 \u00e0 identifier et \u00e0 comprendre les clusters suspect\u00e9s et \u00e0 \u00e9tudier leurs relations.
Mat\u00e9riel et M\u00e9thode : Les \u00e9chantillons des l\u00e9sions cutan\u00e9es ou les cro\u00fbtes ont \u00e9t\u00e9 pr\u00e9lev\u00e9s dans le cadre de la surveillance chez les patients cas suspects. La confirmation par PCR s\u2019est effectu\u00e9e au laboratoire de virologie de l\u2019INRB. Les extraits positifs avec un CT \u2264 30 nous ont \u00e9t\u00e9 envoy\u00e9s au laboratoire de s\u00e9quen\u00e7age. Nous avons proc\u00e9d\u00e9 par l\u2019amplification en utilisant le primer sp\u00e9cifique ciblant le g\u00e9nome virus de mpox, la pr\u00e9paration de librairie a \u00e9t\u00e9 faite avec le kit illumina, loading sur les plateformes Illumina. Les analyses bio-informatiques ont \u00e9t\u00e9 effectu\u00e9 avec le pipeline Gevarli et CZID lesquels nous ont permis d\u2019obtenir les consensus fasta \u00e0 la fin des analyses.
R\u00e9sultats : Il ressort clairement que l\u2019\u00e2ge compris entre 16 et 35 ans \u00e9tait majoritaire soit 83,6% suivi de l\u2019\u00e2ge entre 4 et 15ans soit 16,4%. Le sexe masculin \u00e9tait plus repr\u00e9sent\u00e9 soit 66,6% suivi de sexe f\u00e9minin soit 33,4%. Plus de la moiti\u00e9 des \u00e9chantillons pr\u00e9lev\u00e9s \u00e9tait de v\u00e9sicule soit 58, 3% et cro\u00fbtes soit 41,7%. Il est ressorti que le sous clade I qui circulant pendant cette \u00e9pid\u00e9mie.
Conclusion : Dans l\u2019ensemble, nos r\u00e9sultats mettent en \u00e9vidence l\u2019\u00e9pid\u00e9miologie g\u00e9nomique comme un outil de surveillance et de contr\u00f4le en temps r\u00e9el des \u00e9pid\u00e9mies de mpox et peuvent guider les futures mesures. La propagation du Mpox en RDC continue d\u2019\u00eatre une pr\u00e9occupation majeure en raison de la forte pr\u00e9valence et de la faible r\u00e9ponse. Sans une r\u00e9ponse rapide, le virus continuera \u00e0 muter et se propager.
Renforcement des capacit\u00e9s du Laboratoire de Bact\u00e9riologie-Virologie du CHU de Fann,<\/strong> DIA Mouhamadou Lamine, Laboratoire de Bact\u00e9riologie-Virologie, CHU de FANN, S\u00e9n\u00e9gal
1. Contexte
Dans le cadre du renforcement des capacit\u00e9s de s\u00e9quen\u00e7age et de surveillance g\u00e9nomique du SARS-CoV-2 et des pathog\u00e8nes \u00e9mergents en Afrique de l\u2019Ouest et centrale, le projet AFROSCREEN soutient 3 structures de sant\u00e9 au S\u00e9n\u00e9gal : le Centre Hospitalier National Universitaire de Fann (CHNUF), l\u2019h\u00f4pital Dalal Jamm et l\u2019Institut Pasteur de Dakar. Le Laboratoire de Bact\u00e9riologie-Virologie du CHNUF a b\u00e9n\u00e9fici\u00e9 d\u2019un renforcement des comp\u00e9tences sur le s\u00e9quen\u00e7age avec trois volets : des travaux d\u2019am\u00e9nagement du laboratoire, l\u2019acquisition d\u2019\u00e9quipements et la formation du personnel.<\/p>\n\n\n\n
2. Etat d\u2019avancement
Des travaux d\u2019am\u00e9nagement ont \u00e9t\u00e9 entrepris au niveau du laboratoire pour pouvoir r\u00e9pondre aux normes pour la r\u00e9alisation des activit\u00e9s de biologie mol\u00e9culaire.
Par la suite, le projet AFROSCREEN a fourni au laboratoire un s\u00e9quenceur de type iSeq 100 (Illumina) et divers autres \u00e9quipements pour la r\u00e9alisation des tests de s\u00e9quen\u00e7age.
La formation du personnel du laboratoire sur le s\u00e9quen\u00e7age a \u00e9t\u00e9 effectu\u00e9e au laboratoire de Virologie du CHU Henri Mondor de Paris. Un accompagnement in situ pour la r\u00e9alisation des tests de s\u00e9quen\u00e7age et la maintenance des \u00e9quipements est assur\u00e9 par le repr\u00e9sentant local d\u2019Illumina : la S\u00e9n\u00e9galaise des Syst\u00e8mes M\u00e9dicaux (SSM).<\/p>\n\n\n\n
3. R\u00e9sultats
Le s\u00e9quen\u00e7age et la PCR de criblage effectu\u00e9s sur une centaine d\u2019\u00e9chantillons re\u00e7us entre 2021 et 2022 ont permis de retrouver les variants Alpha, Delta et Omicron.<\/p>\n\n\n\n
4. Conclusion
Le renforcement de capacit\u00e9s a permis au laboratoire de Bact\u00e9riologie-Virologie du CHNUF de d\u00e9crire en r\u00e9trospective, la circulation des variants du SARS-CoV-2. En perspective, le laboratoire pourra effectuer le s\u00e9quen\u00e7age d\u2019autres agents pathog\u00e8nes lui permettant de jouer un r\u00f4le important dans la surveillance \u00e9pid\u00e9miologique au S\u00e9n\u00e9gal.
CDC Trioplex Diagnostic Assay underperforms in detection of circulating Chikungunya West African genotype<\/strong>, Idrissa DIENG, Pole de Virologie, Institut Pasteur de Dakar, S\u00e9n\u00e9gal
The Institut Pasteur de Dakar carries out a Sentinel Syndromic Surveillance of arboviruses, including the Chikungunya virus, in Senegal since 2015. An unprecedented CHIKV outbreak in Senegal in late 2023 spread to The Gambia. The CDC Trioplex Kit\u2019s performance was evaluated, revealing underperformance in detecting circulating strains.
Waiting in the Wings: The Resurgence of Sylvatic Dengue Virus in Senegal within a Hyperendemic Context<\/strong>, Idrissa DIENG, Pole de Virologie, Institut Pasteur de Dakar, S\u00e9n\u00e9gal
Dengue virus (DENV) poses an escalating public health challenge in Africa, despite its historical rarity in the region. Between certain years, epidemics linked to DENV serotypes 1-4 have been documented, primarily in West Africa. In Senegal, the virus landscape was historically dominated by Sylvatic DENV-2 in the south. However, a significant shift occurred in 2009 with the emergence of the first urban epidemic associated with DENV-3. Subsequently, annual epidemics have been observed since 2017, yet data on circulating virus variants (serotypes, genotypes, lineages, and clades) remain scarce.
To address this gap, we utilized nanopore sequencing to conduct molecular and genomic surveillance of DENV strains detected through the 4S network, a sentinel syndromic surveillance program. Over the period of 2019 to 2023, we collected remnant sera from 8746 individuals, alongside demographic and epidemiological data. RNA extraction and real-time RT-PCR were performed, followed by molecular serotyping using CDC dengue typing Kit. Whole genome sequencing was achieved through a serotype-specific multiplex PCR tiling approach, facilitated by the Nanopore MinION device.
Bioinformatics, phylogenetic, and phylogeographic analyses were conducted to elucidate virus variants and dispersal patterns. Out of the screened samples, 434 tested positive for DENV RNA, revealing the co-circulation of DENV 1-3. Notably, among serotyped samples, DENV-3 predominated (72.82%), followed by DENV-1 (17.41%) and a smaller proportion of DENV-2 (1.05%). Intriguingly, a group of samples from southern Senegal defied serotyping, later identified as sylvatic DENV-2 (DENV-2\/GVI) through genomic analysis.
Sequencing yielded 39 nearly complete genomes, unveiling diverse clades within genotypes III and V for DENV-3 and DENV-1, respectively. DENV-2 exhibited cosmopolitan and sylvatic genotypes, with the latter previously unrecognized. Phylogeographic analysis traced the origin of DENV-2\/GVI to 2009, indicating sustained circulation in southern Senegal. This underscores the necessity for one health surveillance, integrating arboreal mosquitoes and non-human primates as reservoirs.
Incorporating genomic tools into surveillance efforts is crucial for understanding DENV epidemiology. The resurgence of DENV-2\/GVI raises concerns regarding vaccine efficacy and diagnostic accuracy, emphasizing the need for updated management strategies in Senegal and Africa.
An amplicon-based Illumina and nanopore sequencing workflow for Chikungunya virus West Africa genotype<\/strong>, Idrissa DIENG, Pole de Virologie, Institut Pasteur de Dakar, S\u00e9n\u00e9gal
The Chikungunya virus, a global arbovirus, is currently causing a major outbreak in the Western African region, with the highest cases reported in Senegal and Burkina Faso. Recent molecular evolution analyses reveal that the strain responsible for the epidemic belongs to the West African genotype, with new mutations potentially impacting viral replication, antigenicity, and host adaptation. Real-time genomic monitoring is needed to track the virus\u2019s spread in new regions. A scalable West African genotype amplicon-based Whole Genome Sequencing for multiple Next Generation Sequencing platforms has been developed to support genomic investigations and identify epidemiological links during the virus\u2019s ongoing spread. This technology will help identify potential threats and support real-time genomic investigations in the ongoing spread of the virus.
Surveillance sentinelle au S\u00e9n\u00e9gal et investigation des variants du SARS-CoV-2<\/strong>, Diallo S\u00e9n\u00e9gal, Institut Pasteur de Dakar, S\u00e9n\u00e9gal
La pand\u00e9mie persistante du SARS-CoV-2 a engendr\u00e9 l\u2019apparition de nouveaux variants pr\u00e9occupants pour leurs propri\u00e9t\u00e9s \u00e9pid\u00e9miologiques, cliniques et virologiques. Ce projet vise \u00e0 am\u00e9liorer la surveillance des variants du SARS-CoV-2 au S\u00e9n\u00e9gal par le renforcement des capacit\u00e9s de s\u00e9quen\u00e7age et de surveillance \u00e9pid\u00e9miologique. Une \u00e9tude prospective multicentrique a \u00e9t\u00e9 men\u00e9e, d\u00e9butant au site hospitalier de Fann et s\u2019\u00e9tendant \u00e0 diverses structures de sant\u00e9 \u00e0 travers le pays. L\u2019objectif principal est d\u2019analyser les caract\u00e9ristiques \u00e9pid\u00e9miologiques, cliniques et biologiques des nouveaux variants identifi\u00e9s. Les r\u00e9sultats pr\u00e9liminaires montrent une pr\u00e9sence significative de variants tels qu\u2019Omicron et ses d\u00e9riv\u00e9s, soulignant l\u2019importance d\u2019une surveillance continue et de la promotion de la vaccination, en particulier dans les r\u00e9gions \u00e0 faible couverture vaccinale. Les donn\u00e9es obtenues permettent d\u2019informer les d\u00e9cisions de sant\u00e9 publique et de d\u00e9velopper des strat\u00e9gies de contr\u00f4le adapt\u00e9es.
\u00c9valuation de la performance de deux protocoles de s\u00e9quen\u00e7age du SARS CoV2 par la technique Oxford Nanopore technology \u00e0 Lom\u00e9-Togo<\/strong>, Abla Ahouefa KONOU, Laboratoire de Biologie mol\u00e9culaire et d\u2019Immunologie (BIOLIM\/FSS-UL), Togo
Dans le souci d\u2019une offre de service de s\u00e9quen\u00e7age du SARS CoV-2 de qualit\u00e9 et \u00e0 moindre co\u00fbt, ce travail a \u00e9t\u00e9 initi\u00e9 avec pour objectif d\u2019\u00e9valuer la performance des techniques de s\u00e9quen\u00e7age de Oxford Nanopore par rapport \u00e0 celle d\u2019Illumina au Togo.
Entre Juillet et Octobre 2022, des souches de SARS CoV 2 obtenus \u00e0 partir de pr\u00e9l\u00e8vements oropharyng\u00e9s test\u00e9s positifs \u00e0 Lom\u00e9 ont \u00e9t\u00e9 s\u00e9quenc\u00e9s suivant le protocole d\u2019Illumina utilisant le kit Covidseq. Par ailleurs, les m\u00eames souches ont fait l\u2019objet d\u2019u s\u00e9quen\u00e7age selon les protocoles ARTIC et Midnight de Oxford Nanopore Technology au laboratoire de Biologie mol\u00e9culaire et d\u2019Immunologie (BIOLIM\/FSS-UL). Le protocole Illumina a \u00e9t\u00e9 pris comme gold standard.
Au total 45 \u00e9chantillons ont \u00e9t\u00e9 s\u00e9quenc\u00e9s en utilisant les protocoles Illumina et Midnight ; 42 \u00e9chantillons ont \u00e9t\u00e9 s\u00e9quenc\u00e9s avec le protocole ARTIC. La couverture des s\u00e9quences des protocoles Illumina, Midnight et ARTIC \u00e9tait respectivement de 99%, 97% et 80%. Toutes les souches \u00e9taient du variant Omicron. Les trois m\u00e9thodes ont donn\u00e9 des clades identiques. Par rapport aux lign\u00e9es, nous avons obtenus une concordance de presque 100% pour les sous-lign\u00e9e BA.2, BA.4, BA.5 et BE. Cependant des discordances ont \u00e9t\u00e9 retrouv\u00e9s avec la sous-lign\u00e9e BQ.1.
En prenant la technique Illumina comme r\u00e9f\u00e9rence, le protocole Midnight s\u2019est r\u00e9v\u00e9l\u00e9 \u00eatre une m\u00e9thode plus performante.
Apport du projet AFROSCREEN dans la surveillance g\u00e9nomique du SARS CoV2 au Togo<\/strong>, Abla Ahouefa KONOU, Laboratoire de Biologie mol\u00e9culaire et d\u2019Immunologie (BIOLIM\/FSS-UL), Togo
Le s\u00e9quen\u00e7age NGS est essentiel pour une meilleure surveillance g\u00e9nomique du SARS CoV2 mais reste un d\u00e9fi pour les pays \u00e0 ressources limit\u00e9es. Avec le soutien du projet AFROSCREEN, le Laboratoire de Biologie mol\u00e9culaire et d\u2019Immunologie (BIOLIM\/FSS-UL) du Togo, a b\u00e9n\u00e9fici\u00e9 d\u2019une plateforme compl\u00e8te pour le NGS. Ceci a permis de commencer \u00e0 partir de 2022 cette surveillance et d\u00e9crire les variants circulants.
Entre octobre 2022 et d\u00e9cembre 2023, les \u00e9chantillons positifs \u00e0 la RT-PCR pr\u00e9lev\u00e9s chez des voyageurs au d\u00e9part de Lom\u00e9 et des cas cliniques suspects de Lom\u00e9 ont \u00e9t\u00e9 s\u00e9quenc\u00e9s. Les \u00e9chantillons ayant un CT <28 ont \u00e9t\u00e9 s\u00e9quenc\u00e9s avec le protocole Illumina \u00ab Covidseq \u00bb \u00e0 BIOLIM.FSS-UL. Les donn\u00e9es g\u00e9n\u00e9r\u00e9es apr\u00e8s s\u00e9quen\u00e7age ont \u00e9t\u00e9 analys\u00e9es avec le pipeline \u00bb GeVarLi \u00ab , de l\u2019IRD. Les fastas ont \u00e9t\u00e9 soumis sur GISAID.
Au total 1194 cas confirm\u00e9s par RT-PCR ont \u00e9t\u00e9 re\u00e7us par BIOLIM\/FSS-UL, dont 265 ont \u00e9t\u00e9 s\u00e9quenc\u00e9s et 189 g\u00e9nomes de bonne qualit\u00e9 soumis sur GISAID. Il s\u2019agissait des sous-lign\u00e9es omicron. Ainsi, la sous-lign\u00e9e BA.1 apparue en janvier 2023 \u00e9tait remplac\u00e9e par les sous lign\u00e9es BA.2, BA.4, BA.5 ; BA.5.1 et BE.1 en juillet. De septembre \u00e0 octobre, pr\u00e9dominaient les sous-lign\u00e9es BQ et enfin les sous-lign\u00e9es XBB en d\u00e9cembre.
Le projet AFROSCREEN a permis le renforcement des capacit\u00e9s et la mise en place de la surveillance g\u00e9nomique du SARS-CoV2 \u00e0 partir de 2022 jusqu\u2019\u00e0 nos jours.
Surveillance sentinelle et investigation des variants du SARS-CoV-2 : exp\u00e9rience du Togo d\u2019octobre 2022 \u00e0 mars 2024<\/strong>, Rodion Konu, Laboratoire de Biologie mol\u00e9culaire et d\u2019Immunologie (BIOLIM\/FSS-UL), Togo
Contexte : La surveillance g\u00e9nomique du SARS-CoV-2 est essentielle afin d\u2019\u00e9clairer les d\u00e9cisions concernant les mesures de sant\u00e9 publique, les outils de diagnostic, les traitements et la vaccination.<\/p>\n\n\n\n
Objectif : b\u00e2tir un syst\u00e8me de surveillance sentinelle ; d\u00e9crire le profil \u00e9pid\u00e9miologique et g\u00e9nomique des cas confirm\u00e9s de SARS-CoV-2 au Togo.<\/p>\n\n\n\n
M\u00e9thodes : Cinq sites sentinelles ont \u00e9t\u00e9 mis en place \u00e0 Lom\u00e9 et Sokod\u00e9 d\u2019Octobre 2022 \u00e0 Mars 2024. Tous les cas confirm\u00e9s d\u2019infection \u00e0 SARS-CoV-2 ont \u00e9t\u00e9 inclus. Les caract\u00e9ristiques sociod\u00e9mographiques, cliniques et \u00e9pid\u00e9miologiques ont \u00e9t\u00e9 document\u00e9es. Le s\u00e9quen\u00e7age du SARS-CoV-2 a \u00e9t\u00e9 r\u00e9alis\u00e9 dans le Laboratoire Biolim de l\u2019Universit\u00e9 de Lom\u00e9.<\/p>\n\n\n\n
R\u00e9sultats : ont \u00e9t\u00e9 inclus 277 cas confirm\u00e9s d\u2019infection \u00e0 SARS-CoV-2 dont 51,6% d\u2019hommes. L\u2019\u00e2ge m\u00e9dian \u00e9tait de 40 ans (IIQ : 32 \u2013 56). Le taux mensuel de positivit\u00e9 variait de 0,2% en d\u00e9cembre 2022 \u00e0 9,2% en Juillet 2023. Au moins un ant\u00e9c\u00e9dent pathologique retrouv\u00e9 chez 8,0% des cas et 55,1% avaient re\u00e7u au moins une dose de vaccin contre COVID-19. Environ 89,9% (n=246) des sujets \u00e9taient symptomatiques, 27,1% (n=75) ont \u00e9t\u00e9 hospitalis\u00e9s dont 24,0% en soins intensifs. Un cas de d\u00e9c\u00e8s a \u00e9t\u00e9 rapport\u00e9. Au total, 160 souches de SARS-CoV-2 ont \u00e9t\u00e9 s\u00e9quenc\u00e9s et 101 (63,1%) \u00e9taient des s\u00e9quences de bonne qualit\u00e9. Le variant retrouv\u00e9 \u00e9tait de l\u2019Omicron.<\/p>\n\n\n\n
Conclusion : le syst\u00e8me de surveillance g\u00e9nomique des variants du SARS-CoV-2 mis en place au Togo dans le cadre du projet AFROSCREEN est fonctionnel et pourra \u00eatre \u00e9tendu \u00e0 d\u2019autres pathog\u00e8nes.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"