La conférence « Public Health Alliance for Genomic Epidemiology (PHA4GE) and International Pathogen Surveillance Network (IPSN) Global Partners Forum » , qui s’est tenue au Cap du 27 au 30 octobre 2025, a rassemblé des chercheurs, décideurs, bailleurs, partenaires de mise en œuvre, ainsi que des développeurs de plateformes et des acteurs de terrain en génomique des pathogènes, pour aborder un large éventail de sujets : intégration de la génomique dans la santé publique, partage et utilisation des données, approche « One Health », infrastructures, financement et renforcement des capacités.

AFROSCREEN était représenté par plusieurs membres du réseau :

Pr Placide Mbala (Institut National de Recherche Biomédical ; INRB, République Démocratique du Congo) a donné une présentation plénière marquante sur l’évolution des capacités de séquençage en Afrique. Il a montré comment, grâce aux efforts de renforcement des capacités régionales (dont AFROSCREEN), les délais de génération de séquences sont passés de plusieurs jours lors des premières épidémies d’Ebola à seulement 14 heures lors du dernier épisode : un record illustrant les progrès accomplis.

Il a également mis en lumière les domaines d’amélioration majeurs :

• Renforcer la souveraineté des données et la reconnaissance des pays producteurs de données
• Améliorer l’interopérabilité des plateformes de données et métadonnées
• Garantir un financement durable (et non uniquement d’urgence) pour que la génomique soit intégrée au système de santé publique et non un dispositif épisodique
• Développer davantage les capacités locales (laboratoires, bioinformatique) et la production de réactifs dans la région

Haby Diallo (Centre de Recherche et de Formation en Infectiologie de Guinée, CERFIG, Guinée) a présenté un poster sur l’analyse génomique et épidémiologique des variants du SARS-CoV-2 identifiés en Guinée. Son travail met en évidence que, même avec un nombre limité d’échantillons séquencés, chaque séquence apporte des informations précieuses sur la circulation des variants et peut orienter la réponse de santé publique.

Dr Idrissa Dieng (Institut Pasteur de Dakar, Sénégal) a présenté ses travaux sur la résurgence du virus dengue sylvatique au Sénégal, dans un contexte désormais hyperendémique. Son équipe a utilisé le séquençage Nanopore pour retracer la circulation des différents sérotypes (DENV 1–3) entre 2019 et 2023, révélant la persistance silencieuse d’un virus DENV-2 sylvatique jusque-là non détecté. Ces résultats soulignent l’importance d’une approche « One Health » intégrant la surveillance des vecteurs et des réservoirs animaux.

Enfin, les résultats de la première phase du projet AFROSCREEN ont été présentés sous forme de poster par Tara Brosschot (ANRS Maladies Infectieuses Emergentes ; ANRS MIE, France), résumant les principales réalisations du réseau depuis son lancement.

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Pour savoir plus sur les travaux présentés :

Pr Placide Mbala (INRB): The 16th Ebola Virus Disease Outbreak in Bulape Health Zone, Kasaï, Democratic Republic of the Congo: A new spillover event from an unknown reservoir host

Dr Idrissa Dieng (Institut Pasteur de Dakar): The Spatiotemporal Distribution and Molecular Characterization of Circulating Dengue Virus Serotypes/Genotypes in Senegal from 2019 to 2023

Haby Diallo (CERFIG): Genomic and epidemiological analysis of SARS-CoV-2 variants isolated in Guinea: a routine sequencing implementation

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