Surveillance de santé publique et études épidémiologiques
Pour investiguer les tendances et les caractéristiques épidémiologiques des variants d’intérêt.
Le séquençage, un outil de surveillance important
Le séquençage est un outil de surveillance important, qui doit être associé à l’évaluation des caractéristiques phénotypiques de nouveaux variants.
En effet, certaines mutations du génome du SARS-CoV-2 peuvent affecter les propriétés du virus et influer sur sa transmissibilité, sa propagation, sa vitesse de réplication, la présentation clinique de la maladie et sa capacité à contourner les mesures de santé publique mises en place pour le contrôler. Une surveillance et des enquêtes seront donc menées afin de définir les caractéristiques des variants d’intérêt détectés en Afrique.
Trois axes d’intervention
En appui aux structures nationales en charge de la gestion des épidémies tels que les Centres opérationnels et de régulation de la réponse aux urgences sanitaires (CORUS) des différents pays, le volet « Surveillance de santé publique et enquêtes épidémiologiques » du projet AFROSCREEN comprend trois axes d’intervention, qui seront mis en place dans les pays du projet :
Le choix de cinq à dix sites sentinelles épidémiologiques par pays, en lien avec les Ministères de la Santé, les CORUS et les réseaux existants (hôpitaux, centres de santé) et la collecte de données journalière (nombre de cas suspects par âge, sexe, site sentinelle) permettra une analyse descriptive afin de décrire les tendances au cours du temps et d’alerter de manière précoce les autorités en cas de flambées épidémiques.
Une investigation sera menée en cas de cluster comprenant un nombre important de cas secondaires autour d’un cas initial de Covid-19 pouvant laisser penser à un risque de transmission augmentée.
Une fois les cas confirmés de VOI/VOC du SARS-CoV-2 (par séquençage et/ou PCR de criblage), une investigation sur site ou par téléphone permettra une collecte de données standardisées et une analyse détaillée des caractéristiques cliniques, biologiques et épidémiologiques des cas confirmés de VOI/VOC dans chaque pays du projet.
L’investigation épidémiologique portera sur les contacts familiaux de cas primaires confirmés de VOI/VOC du SARS-CoV-2. Elle a pour but de déterminer les paramètres épidémiologiques : taux d’attaque secondaire, taux de reproductibilité, intervalle sériel, période d’incubation, durée d’infectiosité, proportion d’asymptomatique, létalité, facteurs de risque…
La méthode est celle proposée dans le protocole OMS de recherche sur la transmission dans les familles de l’infection par la maladie à Covid-19, avec un suivi des cas familiaux pendant 28 jours accompagné de tests PCR et de sérologie. La cible de cette activité est d’investiguer au moins 30 familles par pays, soit environ 300 personnes par pays.