Surveillance des maladies infectieuses au CHU de Fann : Impact et perspectives du projet AFROSCREEN
Surveillance des maladies infectieuses au CHU de Fann : Impact et perspectives du projet AFROSCREEN
Dr. Fatoumata DIALLO (gauche) et Mame Salane THIAM (droit)
Découvrez l’interview de Mame Salane THIAM, spécialisée en bioinformatique au sein du laboratoire de bactériologie du CHU de Fann et du Dr. Fatoumata DIALLO, médecin biologiste au laboratoire de bactériologie-virologie du CHU de Fann depuis 20218. Elle est également maîtresse assistante à l’Université Cheikh Anta Diop de Dakar, au service de bactériologie médicale.
Est-ce que vous pouvez nous présenter le laboratoire, son fonctionnement et ses activités ?
Mame Salane THIAM : Le laboratoire de bactériologie est situé au CHU de Fann. Nous effectuons des analyses bactériologiques et, dans le cadre de la biologie moléculaire, nous nous concentrons sur la recherche liée à la COVID-19 et à la tuberculose. Pour la COVID-19, nous détectons la présence du virus. Concernant la tuberculose, nous utilisons le test GeneXpert pour identifier la maladie et évaluer la résistance à la rifampicine. Nous réalisons aussi l’extraction de l’ADN car nous envisageons de procéder au séquençage de la tuberculose, notamment sur des patients vivant avec le VIH. Ce projet est financé par l’Allemagne et vise à mieux comprendre ces résistances et identifier de nouvelles molécules thérapeutiques.
Dr. Fatoumata DIALLO : La pandémie de COVID-19 et le projet AFROSCREEN ont joué un rôle clé dans le développement de nos capacités diagnostiques. Avant la pandémie, notre laboratoire se focalisait sur la bactériologie et la virologie. Avec la COVID-19, nous avons mis en place un laboratoire de biologie moléculaire, soutenu par AFROSCREEN, et commencé à diagnostiquer le virus via des tests PCR. Nous avons ensuite élargi notre champ d’action avec l’acquisition de kits de PCR multiplex, permettant de détecter jusqu’à 33 pathogènes respiratoires.
Quels sont les apports du AFROSCREEN ?
Mame Salane THIAM : Le projet AFROSCREEN a significativement enrichi notre travail. J’ai pu suivre une formation en bioinformatique, notamment sur l’outil GeVarLi, ce qui m’a permis d’analyser les souches séquencées dans notre laboratoire. Grâce à cet outil, nous avons pu traiter les 100 souches de COVID-19 séquencées et identifier les différents variants circulants. Cela nous a permis de construire un arbre phylogénétique et de soumettre ces séquences à la base de données GISAID.
Dr. Fatoumata DIALLO : AFROSCREEN a été très bénéfique. Il nous a permis d’équiper notre laboratoire avec un séquenceur MiSeq (fourni par le ministère de la Santé mais utilisé grâce à AFROSCREEN) et un iSeq, un Qubit pour la quantification des acides nucléiques, des réfrigérateurs pour les réactifs, etc. Le projet a renforcé nos capacités diagnostiques, non seulement pour le COVID-19, mais aussi pour d’autres maladies respiratoires. Nous avons également suivi des formations spécifiques, notamment une formation en séquençage à Abidjan en 2022.
Selon vous, quel est l’avenir de la bioinformatique dans la surveillance des maladies respiratoires, en Afrique de l’Ouest et plus globalement ?
Mame Salane THIAM : La bioinformatique est essentielle car elle permet d’analyser rapidement et efficacement les données. Elle permet aussi d’exploiter pleinement le séquençage en identifiant des mutations d’intérêt et en surveillant l’évolution des pathogènes en temps réel.
Dr. Fatoumata DIALLO : La surveillance des maladies et le séquençage sont primordiaux. Nous devons renforcer la formation en bioinformatique pour être autonomes dans l’exploitation des données de séquençage. Construire des arbres phylogénétiques et comprendre la transmission des pathogènes sont des éléments clés pour améliorer la gestion des épidémies.
Avez-vous d’autres besoins pour développer encore les capacités du laboratoire de Fann ?
Mame Salane THIAM : Outre la collaboration pour le séquençage, nous avons un besoin critique en infrastructure de stockage des données. Actuellement, nous stockons les séquences sur un disque dur externe, ce qui est loin d’être optimal. L’acquisition d’un serveur NAS serait essentielle pour sécuriser et centraliser nos données. Enfin, nous avons besoin de plus de réactifs et de matériel pour continuer à développer nos capacités diagnostiques.
Pensez-vous que le concept One Health a un rôle à jouer dans votre travail ?
Dr. Fatoumata DIALLO : Oui, c’est fondamental. Les interactions entre les pathogènes humains, animaux et environnementaux nécessitent une approche intégrée. L’exemple du COVID-19 montre bien que la surveillance doit être globale pour anticiper l’émergence de nouvelles épidémies.
Mame Salane THIAM : En termes de traitement bioinformatique des données, il n’y a pas de grande différence entre les échantillons humains et animaux. Nous utilisons les mêmes outils d’analyse. Par exemple, l’étude du VIH a permis de retracer son origine chez les singes, ce qui montre bien l’importance de la bioinformatique pour comprendre les liens entre santé humaine et santé animale.
Quelles sont les perspectives pour 2025 ?
Dr. Fatoumata DIALLO : Nous souhaitons élargir le séquençage à d’autres pathogènes, y compris les bactéries, pour étudier la résistance aux antimicrobiens. Actuellement, nous avons plusieurs bactéries en attente de séquençage pour l’étude de leurs gènes de résistance, ce qui pourrait avoir un impact direct sur la prise en charge des infections en milieu hospitalier.
Nous aimerions aussi travailler sur le séquençage des virus de l’hépatite B et d’autres infections respiratoires. Par ailleurs, nous préparons plusieurs publications issues des analyses AFROSCREEN : un premier article sur les variants circulants du COVID-19 en 2022 est en cours de finalisation, suivi de deux autres articles sur nos travaux en surveillance génomique.
Dr. Fatoumata DIALLO (gauche) et Mame Salane THIAM (droit)
Découvrez l’interview de Mame Salane THIAM, spécialisée en bioinformatique au sein du laboratoire de bactériologie du CHU de Fann et du Dr. Fatoumata DIALLO, médecin biologiste au laboratoire de bactériologie-virologie du CHU de Fann depuis 20218. Elle est également maîtresse assistante à l’Université Cheikh Anta Diop de Dakar, au service de bactériologie médicale.
Est-ce que vous pouvez nous présenter le laboratoire, son fonctionnement et ses activités ?
Mame Salane THIAM : Le laboratoire de bactériologie est situé au CHU de Fann. Nous effectuons des analyses bactériologiques et, dans le cadre de la biologie moléculaire, nous nous concentrons sur la recherche liée à la COVID-19 et à la tuberculose. Pour la COVID-19, nous détectons la présence du virus. Concernant la tuberculose, nous utilisons le test GeneXpert pour identifier la maladie et évaluer la résistance à la rifampicine. Nous réalisons aussi l’extraction de l’ADN car nous envisageons de procéder au séquençage de la tuberculose, notamment sur des patients vivant avec le VIH. Ce projet est financé par l’Allemagne et vise à mieux comprendre ces résistances et identifier de nouvelles molécules thérapeutiques.
Dr. Fatoumata DIALLO : La pandémie de COVID-19 et le projet AFROSCREEN ont joué un rôle clé dans le développement de nos capacités diagnostiques. Avant la pandémie, notre laboratoire se focalisait sur la bactériologie et la virologie. Avec la COVID-19, nous avons mis en place un laboratoire de biologie moléculaire, soutenu par AFROSCREEN, et commencé à diagnostiquer le virus via des tests PCR. Nous avons ensuite élargi notre champ d’action avec l’acquisition de kits de PCR multiplex, permettant de détecter jusqu’à 33 pathogènes respiratoires.
Quels sont les apports du AFROSCREEN ?
Mame Salane THIAM : Le projet AFROSCREEN a significativement enrichi notre travail. J’ai pu suivre une formation en bioinformatique, notamment sur l’outil GeVarLi, ce qui m’a permis d’analyser les souches séquencées dans notre laboratoire. Grâce à cet outil, nous avons pu traiter les 100 souches de COVID-19 séquencées et identifier les différents variants circulants. Cela nous a permis de construire un arbre phylogénétique et de soumettre ces séquences à la base de données GISAID.
Dr. Fatoumata DIALLO : AFROSCREEN a été très bénéfique. Il nous a permis d’équiper notre laboratoire avec un séquenceur MiSeq (fourni par le ministère de la Santé mais utilisé grâce à AFROSCREEN) et un iSeq, un Qubit pour la quantification des acides nucléiques, des réfrigérateurs pour les réactifs, etc. Le projet a renforcé nos capacités diagnostiques, non seulement pour le COVID-19, mais aussi pour d’autres maladies respiratoires. Nous avons également suivi des formations spécifiques, notamment une formation en séquençage à Abidjan en 2022.
Selon vous, quel est l’avenir de la bioinformatique dans la surveillance des maladies respiratoires, en Afrique de l’Ouest et plus globalement ?
Mame Salane THIAM : La bioinformatique est essentielle car elle permet d’analyser rapidement et efficacement les données. Elle permet aussi d’exploiter pleinement le séquençage en identifiant des mutations d’intérêt et en surveillant l’évolution des pathogènes en temps réel.
Dr. Fatoumata DIALLO : La surveillance des maladies et le séquençage sont primordiaux. Nous devons renforcer la formation en bioinformatique pour être autonomes dans l’exploitation des données de séquençage. Construire des arbres phylogénétiques et comprendre la transmission des pathogènes sont des éléments clés pour améliorer la gestion des épidémies.
Avez-vous d’autres besoins pour développer encore les capacités du laboratoire de Fann ?
Mame Salane THIAM : Outre la collaboration pour le séquençage, nous avons un besoin critique en infrastructure de stockage des données. Actuellement, nous stockons les séquences sur un disque dur externe, ce qui est loin d’être optimal. L’acquisition d’un serveur NAS serait essentielle pour sécuriser et centraliser nos données. Enfin, nous avons besoin de plus de réactifs et de matériel pour continuer à développer nos capacités diagnostiques.
Pensez-vous que le concept One Health a un rôle à jouer dans votre travail ?
Dr. Fatoumata DIALLO : Oui, c’est fondamental. Les interactions entre les pathogènes humains, animaux et environnementaux nécessitent une approche intégrée. L’exemple du COVID-19 montre bien que la surveillance doit être globale pour anticiper l’émergence de nouvelles épidémies.
Mame Salane THIAM : En termes de traitement bioinformatique des données, il n’y a pas de grande différence entre les échantillons humains et animaux. Nous utilisons les mêmes outils d’analyse. Par exemple, l’étude du VIH a permis de retracer son origine chez les singes, ce qui montre bien l’importance de la bioinformatique pour comprendre les liens entre santé humaine et santé animale.
Quelles sont les perspectives pour 2025 ?
Dr. Fatoumata DIALLO : Nous souhaitons élargir le séquençage à d’autres pathogènes, y compris les bactéries, pour étudier la résistance aux antimicrobiens. Actuellement, nous avons plusieurs bactéries en attente de séquençage pour l’étude de leurs gènes de résistance, ce qui pourrait avoir un impact direct sur la prise en charge des infections en milieu hospitalier.
Nous aimerions aussi travailler sur le séquençage des virus de l’hépatite B et d’autres infections respiratoires. Par ailleurs, nous préparons plusieurs publications issues des analyses AFROSCREEN : un premier article sur les variants circulants du COVID-19 en 2022 est en cours de finalisation, suivi de deux autres articles sur nos travaux en surveillance génomique.