Publication 30 Juin. 2025

Des orthobunyavirus négligés sous la loupe : publication d’une nouvelle étude dans le cadre du projet AFROSCREEN

Des orthobunyavirus négligés sous la loupe : publication d’une nouvelle étude dans le cadre du projet AFROSCREEN

Une étude récente menée par l’Institut Pasteur de Dakar, en collaboration avec des chercheurs de l’Université Cheikh Anta Diop et dans le cadre du projet AFROSCREEN, met en lumière 9 virus de la famille Orthobunyavirus (OBV) encore peu étudiés. Les OBV sont une vaste famille de virus à ARN segmenté transmis par des arthropodes, dont certains sont déjà bien connus pour provoquer des maladies graves chez l’humain et l’animal. Dans cette nouvelle étude, l’équipe sénégalaise a analysé 17 souches historiques issues de la biobanque de l’OMS hébergée à l’IPD, combinant séquençage à haut débit (NGS), analyses phylogénétiques, et prédictions computationnelles des hôtes et vecteurs.

Les chercheurs ont réalisé le séquençage complet du génome de ces virus. Ils ont observé que certains segments présentaient une teneur élevée en bases G et C, tandis que d’autres étaient très pauvres en GC. Ces variations pourraient refléter des mécanismes d’adaptation, par exemple pour échapper à l’immunité de l’hôte, et désignent ces régions comme segments d’intérêt pour de futures études moléculaires.

Les analyses phylogénétiques, rendues possibles par la qualité des séquences obtenues, montrent que plusieurs de ces virus sont génétiquement apparentés à des orthobunyavirus mieux documentés. Par exemple, Ingwavuma virus est proche d’Oropouche virus, un OBV causant des syndromes fébriles de type dengue ; Ilesha virus se rapproche du Cache Valley virus, associé à des atteintes neurologiques ; et Bwamba virus montre des similitudes génétiques avec California encephalitis virus. Ces proximités suggèrent que ces virus négligés pourraient partager des capacités pathogènes similaires.

Une seconde analyse bio-informatique, effectuée à l’aide du Virus Host Prediction pipeline, a permis de prédire les hôtes et vecteurs potentiels à partir des signaux génomiques. Les rongeurs ressortent comme les hôtes les plus probables, suivis par les primates. Du côté des vecteurs, les moustiques obtiennent les scores les plus élevés, avec aussi une probabilité notable pour les tiques chez certains virus.

Ces résultats illustrent l’utilité d’intégrer le séquençage dans la surveillance des virus négligés, et montrent comment une approche One Health peut éclairer les dynamiques de transmission — par exemple, en orientant des stratégies de lutte contre les vecteurs.

Une étude récente menée par l’Institut Pasteur de Dakar, en collaboration avec des chercheurs de l’Université Cheikh Anta Diop et dans le cadre du projet AFROSCREEN, met en lumière 9 virus de la famille Orthobunyavirus (OBV) encore peu étudiés. Les OBV sont une vaste famille de virus à ARN segmenté transmis par des arthropodes, dont certains sont déjà bien connus pour provoquer des maladies graves chez l’humain et l’animal. Dans cette nouvelle étude, l’équipe sénégalaise a analysé 17 souches historiques issues de la biobanque de l’OMS hébergée à l’IPD, combinant séquençage à haut débit (NGS), analyses phylogénétiques, et prédictions computationnelles des hôtes et vecteurs.

Les chercheurs ont réalisé le séquençage complet du génome de ces virus. Ils ont observé que certains segments présentaient une teneur élevée en bases G et C, tandis que d’autres étaient très pauvres en GC. Ces variations pourraient refléter des mécanismes d’adaptation, par exemple pour échapper à l’immunité de l’hôte, et désignent ces régions comme segments d’intérêt pour de futures études moléculaires.

Les analyses phylogénétiques, rendues possibles par la qualité des séquences obtenues, montrent que plusieurs de ces virus sont génétiquement apparentés à des orthobunyavirus mieux documentés. Par exemple, Ingwavuma virus est proche d’Oropouche virus, un OBV causant des syndromes fébriles de type dengue ; Ilesha virus se rapproche du Cache Valley virus, associé à des atteintes neurologiques ; et Bwamba virus montre des similitudes génétiques avec California encephalitis virus. Ces proximités suggèrent que ces virus négligés pourraient partager des capacités pathogènes similaires.

Une seconde analyse bio-informatique, effectuée à l’aide du Virus Host Prediction pipeline, a permis de prédire les hôtes et vecteurs potentiels à partir des signaux génomiques. Les rongeurs ressortent comme les hôtes les plus probables, suivis par les primates. Du côté des vecteurs, les moustiques obtiennent les scores les plus élevés, avec aussi une probabilité notable pour les tiques chez certains virus.

Ces résultats illustrent l’utilité d’intégrer le séquençage dans la surveillance des virus négligés, et montrent comment une approche One Health peut éclairer les dynamiques de transmission — par exemple, en orientant des stratégies de lutte contre les vecteurs.

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