Publication d’un article sur le bilan des trois premières années du programme AFROSCREEN sur le renforcement des capacités en génomique en Afrique dans le Journal of Global Health.
Publication d’un article sur le bilan des trois premières années du programme AFROSCREEN sur le renforcement des capacités en génomique en Afrique dans le Journal of Global Health.
Renforcer la surveillance génomique en Afrique de l’Ouest, Afrique centrale et océan Indien : les enseignements clés du programme AFROSCREEN
Lancé en 2021, le programme AFROSCREEN financé par l’Agence française de développement (AFD) et coordonné par l’ANRS Maladie infectieuses émergentes (ANRS MIE), l’Institut de recherche pour le développement (IRD) et l’Institut Pasteur, a été déployé dans 13 pays d’Afrique de l’Ouest, d’Afrique centrale et de l’océan Indien.
Le programme vient de publier le bilan de ses trois premières années sur le renforcement des capacités en génomique en Afrique dans le Journal of Global Health. Il a permis en trois ans l’achat et livraison de séquenceurs de nouvelle génération adaptés aux contextes locaux, la formation de plus de 250 professionnels au séquençage et à l’analyse bioinformatique, ainsi que la mise en réseau de 25 institutions de santé publique et de recherche et autant de capacités désormais ancrées localement.
L’un des principaux apports du programme AFROSCREEN est d’avoir démontré que le renforcement des capacités en surveillance génomique ne relève pas uniquement d’un défi technique. Il s’agit également d’un enjeu fondamental d’équité en santé. Avant ce projet, de nombreux pays africains dépendaient largement de laboratoires situés à l’étranger pour effectuer le séquençage génomique. Cette dépendance entraînait des délais importants, limitait l’accès aux données et réduisait leur utilité pour la prise de décision rapide en santé publique.
En permettant le développement de capacités de séquençage directement au sein des pays participants, le programme AFROSCREEN a contribué à réduire cette dépendance. Les laboratoires nationaux ont ainsi pu analyser localement des échantillons du virus SARS-CoV-2 ainsi que d’autres agents pathogènes émergents à potentiel épidémique. Cette avancée a permis de combler des lacunes critiques dans la surveillance, tout en rendant les données génomiques plus accessibles et directement mobilisables, dans des délais utiles, par les autorités sanitaires locales.
Cependant, le programme a également mis en évidence que le simple renforcement technique ne suffit pas à résoudre les inégalités structurelles. Plusieurs obstacles persistants ont été identifiés. Parmi eux, les difficultés liées à l’approvisionnement en équipements et en réactifs représentent un frein majeur. Les procédures d’achat sont souvent longues, complexes et peu adaptées à l’urgence des situations sanitaires. Ces retards peuvent compromettre la capacité des laboratoires à fonctionner de manière optimale et continue.
Un autre défi concerne la gouvernance des données. Dans certains contextes, les questions de propriété et de partage des données génomiques restent floues ou insuffisamment encadrées. Cela peut limiter la collaboration régionale entre institutions et freiner l’utilisation optimale des informations collectées. À cela s’ajoute un problème chronique de sous-financement. Les initiatives de surveillance génomique reposent souvent sur des financements externes et ponctuels, ce qui pose la question de leur pérennité.
Le facteur humain constitue également un enjeu central. Le manque de personnel suffisamment qualifié, combiné à un taux élevé de rotation des équipes, fragilise les acquis du projet. Former des experts en génomique et en analyse bioinformatique demande du temps et des ressources importantes. Or, sans perspectives de carrière stables et attractives, ces professionnels nouvellement formés sont souvent amenés à quitter le secteur public ou à chercher des opportunités à l’étranger.
Enfin, l’un des défis majeurs réside dans la traduction des données génomiques en actions concrètes de santé publique. Produire des données est une chose, mais les intégrer dans les processus décisionnels en est une autre. Cela nécessite des mécanismes de communication clairs et efficaces entre scientifiques et décideurs politiques, ainsi qu’une capacité d’interprétation des résultats dans un contexte opérationnel.
Face à ces constats, le consortium AFROSCREEN propose une approche structurée autour de cinq leviers interdépendants, qui doivent être développés de manière simultanée pour garantir un impact durable.
Le premier levier concerne la simplification des cadres d’approvisionnement. Il est essentiel de mettre en place des mécanismes plus flexibles et réactifs pour l’achat de matériel scientifique. Cela pourrait passer par des accords régionaux, des procédures accélérées ou encore des partenariats avec des fournisseurs locaux.
Le deuxième levier porte sur le développement de pipelines bioinformatiques prêts à l’emploi. L’analyse des données génomiques nécessite des outils complexes, souvent difficiles à maîtriser sans expertise avancée. Proposer des solutions standardisées, accessibles et adaptées aux contextes locaux permettrait de faciliter leur utilisation et d’améliorer la qualité des analyses.
Le troisième levier vise à assurer un financement durable, intégré dans les budgets nationaux. La surveillance génomique ne peut pas dépendre uniquement de financements internationaux. Elle doit être reconnue comme une composante essentielle des systèmes de santé et bénéficier d’un soutien financier stable à long terme.
Le quatrième levier concerne le renforcement des liens institutionnels entre les laboratoires et les ministères de la Santé. Une collaboration étroite est indispensable pour garantir que les données produites soient effectivement utilisées dans la prise de décision. Cela implique la mise en place de cadres formels de coordination et de communication.
Enfin, le cinquième levier met l’accent sur la stabilisation des parcours professionnels. Il est crucial de créer des opportunités de carrière attractives pour les scientifiques et les techniciens spécialisés, afin de retenir les talents et de consolider les capacités nationales.
En conclusion, pour construire des systèmes de surveillance efficaces et équitables, il est nécessaire d’adopter une approche globale, intégrant à la fois les dimensions techniques, humaines et politiques. En agissant sur ce triptyque, l’objectif est de faire en sorte que la prochaine alerte épidémique soit détectée, séquencée et interprétée par les institutions membres du réseau AFROSCREEN qui pourront éclairer leurs autorités sanitaires respectives avec des données probantes.
Renforcer la surveillance génomique en Afrique de l’Ouest, Afrique centrale et océan Indien : les enseignements clés du programme AFROSCREEN
Lancé en 2021, le programme AFROSCREEN financé par l’Agence française de développement (AFD) et coordonné par l’ANRS Maladie infectieuses émergentes (ANRS MIE), l’Institut de recherche pour le développement (IRD) et l’Institut Pasteur, a été déployé dans 13 pays d’Afrique de l’Ouest, d’Afrique centrale et de l’océan Indien.
Le programme vient de publier le bilan de ses trois premières années sur le renforcement des capacités en génomique en Afrique dans le Journal of Global Health. Il a permis en trois ans l’achat et livraison de séquenceurs de nouvelle génération adaptés aux contextes locaux, la formation de plus de 250 professionnels au séquençage et à l’analyse bioinformatique, ainsi que la mise en réseau de 25 institutions de santé publique et de recherche et autant de capacités désormais ancrées localement.
L’un des principaux apports du programme AFROSCREEN est d’avoir démontré que le renforcement des capacités en surveillance génomique ne relève pas uniquement d’un défi technique. Il s’agit également d’un enjeu fondamental d’équité en santé. Avant ce projet, de nombreux pays africains dépendaient largement de laboratoires situés à l’étranger pour effectuer le séquençage génomique. Cette dépendance entraînait des délais importants, limitait l’accès aux données et réduisait leur utilité pour la prise de décision rapide en santé publique.
En permettant le développement de capacités de séquençage directement au sein des pays participants, le programme AFROSCREEN a contribué à réduire cette dépendance. Les laboratoires nationaux ont ainsi pu analyser localement des échantillons du virus SARS-CoV-2 ainsi que d’autres agents pathogènes émergents à potentiel épidémique. Cette avancée a permis de combler des lacunes critiques dans la surveillance, tout en rendant les données génomiques plus accessibles et directement mobilisables, dans des délais utiles, par les autorités sanitaires locales.
Cependant, le programme a également mis en évidence que le simple renforcement technique ne suffit pas à résoudre les inégalités structurelles. Plusieurs obstacles persistants ont été identifiés. Parmi eux, les difficultés liées à l’approvisionnement en équipements et en réactifs représentent un frein majeur. Les procédures d’achat sont souvent longues, complexes et peu adaptées à l’urgence des situations sanitaires. Ces retards peuvent compromettre la capacité des laboratoires à fonctionner de manière optimale et continue.
Un autre défi concerne la gouvernance des données. Dans certains contextes, les questions de propriété et de partage des données génomiques restent floues ou insuffisamment encadrées. Cela peut limiter la collaboration régionale entre institutions et freiner l’utilisation optimale des informations collectées. À cela s’ajoute un problème chronique de sous-financement. Les initiatives de surveillance génomique reposent souvent sur des financements externes et ponctuels, ce qui pose la question de leur pérennité.
Le facteur humain constitue également un enjeu central. Le manque de personnel suffisamment qualifié, combiné à un taux élevé de rotation des équipes, fragilise les acquis du projet. Former des experts en génomique et en analyse bioinformatique demande du temps et des ressources importantes. Or, sans perspectives de carrière stables et attractives, ces professionnels nouvellement formés sont souvent amenés à quitter le secteur public ou à chercher des opportunités à l’étranger.
Enfin, l’un des défis majeurs réside dans la traduction des données génomiques en actions concrètes de santé publique. Produire des données est une chose, mais les intégrer dans les processus décisionnels en est une autre. Cela nécessite des mécanismes de communication clairs et efficaces entre scientifiques et décideurs politiques, ainsi qu’une capacité d’interprétation des résultats dans un contexte opérationnel.
Face à ces constats, le consortium AFROSCREEN propose une approche structurée autour de cinq leviers interdépendants, qui doivent être développés de manière simultanée pour garantir un impact durable.
Le premier levier concerne la simplification des cadres d’approvisionnement. Il est essentiel de mettre en place des mécanismes plus flexibles et réactifs pour l’achat de matériel scientifique. Cela pourrait passer par des accords régionaux, des procédures accélérées ou encore des partenariats avec des fournisseurs locaux.
Le deuxième levier porte sur le développement de pipelines bioinformatiques prêts à l’emploi. L’analyse des données génomiques nécessite des outils complexes, souvent difficiles à maîtriser sans expertise avancée. Proposer des solutions standardisées, accessibles et adaptées aux contextes locaux permettrait de faciliter leur utilisation et d’améliorer la qualité des analyses.
Le troisième levier vise à assurer un financement durable, intégré dans les budgets nationaux. La surveillance génomique ne peut pas dépendre uniquement de financements internationaux. Elle doit être reconnue comme une composante essentielle des systèmes de santé et bénéficier d’un soutien financier stable à long terme.
Le quatrième levier concerne le renforcement des liens institutionnels entre les laboratoires et les ministères de la Santé. Une collaboration étroite est indispensable pour garantir que les données produites soient effectivement utilisées dans la prise de décision. Cela implique la mise en place de cadres formels de coordination et de communication.
Enfin, le cinquième levier met l’accent sur la stabilisation des parcours professionnels. Il est crucial de créer des opportunités de carrière attractives pour les scientifiques et les techniciens spécialisés, afin de retenir les talents et de consolider les capacités nationales.
En conclusion, pour construire des systèmes de surveillance efficaces et équitables, il est nécessaire d’adopter une approche globale, intégrant à la fois les dimensions techniques, humaines et politiques. En agissant sur ce triptyque, l’objectif est de faire en sorte que la prochaine alerte épidémique soit détectée, séquencée et interprétée par les institutions membres du réseau AFROSCREEN qui pourront éclairer leurs autorités sanitaires respectives avec des données probantes.