Webinaire « Plateforme de gestion et de partage de données multi-pathogènes d’Africa PGI »

Webinaire « Plateforme de gestion et de partage de données multi-pathogènes d’Africa PGI »

Le deuxième webinaire organisée dans le cadre du projet AFROSCREEN a été tenu par Dr Gerald Mboowa, qui a présenté le projet de création d’une plateforme de gestion et de partage de données en Afrique.

Afin de favoriser l’échange d’expériences et de stimuler la réflexion, une série de webinaires est prévue sur des sujets d’intérêt pour le réseau AFROSCREEN. Le deuxième de ces webinaires a été donnée par le Dr Gerald Mboowa, expert en bioinformatique à l’Africa Pathogen Genomics Initiative (Africa PGI), Africa CDC.

Le Dr Mboowa a parlé de la création de la plate-forme de gestion et de partage des données d’Africa PGI pour renforcer les capacités d’accès et d’analyse des données génomiques sur les agents pathogènes à travers le continent. Le Dr Mboowa a également souligné que l’Afrca PGI s’appuie sur les infrastructures existantes : les centres spécialisés de génomique et de bioinformatique (SGBC) et les laboratoires régionaux de séquençage COVID-19, qui organisent des formations et fournissent des capacités de séquençage aux pays membres. Depuis sa création, Africa PGI a distribué différentes plateformes de séquençage de nouvelle génération à au moins 31 pays membres, en fonction des capacités et des besoins des laboratoires. Par rapport à l’expédition précédente d’échantillons d’épidémies à l’étranger pour le séquençage, Africa PGI a inversé cette pratique. Actuellement, les laboratoires de séquençage basés en Afrique ont séquencé et partagé plus de 95 % de tous les plus de 100 000 génomes du SRAS-CoV-2 disponibles en Afrique (https://bit.ly/3xOKQVL). Progressivement, cela a conduit à une réduction du délai d’exécution entre la collecte des échantillons et le partage des données génomiques du SRAS-CoV-2, et à une augmentation drastique du nombre de séquences africaines du SRAS-CoV-2 partagées avec la communauté internationale.

Le Dr Le Dr Mboowa a souligné comment le continent sous-utilise les données génomiques sur les agents pathogènes qui sont générées, principalement en raison du manque d’expertise pour exploiter les données générées pour la prise de décision en matière de santé publique, les innovations en matière de diagnostic, le développement de médicaments et de vaccins. En effet, « la majorité des données génomiques sur les agents pathogènes du NCBI-SRA pour différents agents pathogènes proviennent de pays d’Afrique, mais très peu d’individus sur le continent peuvent analyser ces données de manière exhaustive et apporter des informations significatives qui peuvent éclairer efficacement l’investigation et le contrôle des maladies sur le continent ». Cette observation, ainsi que le nombre élevé d’épidémies détectées chaque année en Afrique (environ 140), l’importance que la technologie de séquençage du génome acquiert dans l’investigation et le contrôle des maladies infectieuses et la nécessité d’établir des conditions équitables pour l’accès et le partage des données ont incité Africa PGI à créer une plateforme de gestion et de partage de données multi-pathogènes.

La plateforme de données Africa PGI offrira :

  • Gestion de données
  • Solutions d’analyse, de visualisation et d’interprétation des séquences génomiques de pathogènes
  • Accès et partage des données
  • Archive des données génomiques de pathogènes, y compris les données brutes

PGI capitalisera sur les efforts réalisés sur le SARS-CoV-2 pour répondre aux autres pathogènes. En effet, les leçons apprises grâce au séquençage génomique du SRAS-CoV-2 sont utilisées pour répondre aux épidémies endémiques sur le continent, ainsi qu’à toute autre épidémie qui pourrait survenir. Des groupes de travail techniques ont été créés pour identifier les pathogènes prioritaires qui feront l’objet d’une surveillance génomique de routine.

Le Dr Mboowa a conclu en reconnaissant les fondateurs et les agences de financement d’Africa PGI et les collaborateurs à travers l’Afrique et au-delà, y compris le projet AFROSCREEN, qui travaillent en étroite collaboration avec Africa CDC et PGI pour s’assurer que les capacités de NGS et d’analyse sont développées dans le continent.

Pour en savoir plus, retrouvez :

  • la présentation du Dr Mboowa :

Afin de favoriser l’échange d’expériences et de stimuler la réflexion, une série de webinaires est prévue sur des sujets d’intérêt pour le réseau AFROSCREEN. Le deuxième de ces webinaires a été donnée par le Dr Gerald Mboowa, expert en bioinformatique à l’Africa Pathogen Genomics Initiative (Africa PGI), Africa CDC.

Le Dr Mboowa a parlé de la création de la plate-forme de gestion et de partage des données d’Africa PGI pour renforcer les capacités d’accès et d’analyse des données génomiques sur les agents pathogènes à travers le continent. Le Dr Mboowa a également souligné que l’Afrca PGI s’appuie sur les infrastructures existantes : les centres spécialisés de génomique et de bioinformatique (SGBC) et les laboratoires régionaux de séquençage COVID-19, qui organisent des formations et fournissent des capacités de séquençage aux pays membres. Depuis sa création, Africa PGI a distribué différentes plateformes de séquençage de nouvelle génération à au moins 31 pays membres, en fonction des capacités et des besoins des laboratoires. Par rapport à l’expédition précédente d’échantillons d’épidémies à l’étranger pour le séquençage, Africa PGI a inversé cette pratique. Actuellement, les laboratoires de séquençage basés en Afrique ont séquencé et partagé plus de 95 % de tous les plus de 100 000 génomes du SRAS-CoV-2 disponibles en Afrique (https://bit.ly/3xOKQVL). Progressivement, cela a conduit à une réduction du délai d’exécution entre la collecte des échantillons et le partage des données génomiques du SRAS-CoV-2, et à une augmentation drastique du nombre de séquences africaines du SRAS-CoV-2 partagées avec la communauté internationale.

Le Dr Le Dr Mboowa a souligné comment le continent sous-utilise les données génomiques sur les agents pathogènes qui sont générées, principalement en raison du manque d’expertise pour exploiter les données générées pour la prise de décision en matière de santé publique, les innovations en matière de diagnostic, le développement de médicaments et de vaccins. En effet, « la majorité des données génomiques sur les agents pathogènes du NCBI-SRA pour différents agents pathogènes proviennent de pays d’Afrique, mais très peu d’individus sur le continent peuvent analyser ces données de manière exhaustive et apporter des informations significatives qui peuvent éclairer efficacement l’investigation et le contrôle des maladies sur le continent ». Cette observation, ainsi que le nombre élevé d’épidémies détectées chaque année en Afrique (environ 140), l’importance que la technologie de séquençage du génome acquiert dans l’investigation et le contrôle des maladies infectieuses et la nécessité d’établir des conditions équitables pour l’accès et le partage des données ont incité Africa PGI à créer une plateforme de gestion et de partage de données multi-pathogènes.

La plateforme de données Africa PGI offrira :

  • Gestion de données
  • Solutions d’analyse, de visualisation et d’interprétation des séquences génomiques de pathogènes
  • Accès et partage des données
  • Archive des données génomiques de pathogènes, y compris les données brutes

PGI capitalisera sur les efforts réalisés sur le SARS-CoV-2 pour répondre aux autres pathogènes. En effet, les leçons apprises grâce au séquençage génomique du SRAS-CoV-2 sont utilisées pour répondre aux épidémies endémiques sur le continent, ainsi qu’à toute autre épidémie qui pourrait survenir. Des groupes de travail techniques ont été créés pour identifier les pathogènes prioritaires qui feront l’objet d’une surveillance génomique de routine.

Le Dr Mboowa a conclu en reconnaissant les fondateurs et les agences de financement d’Africa PGI et les collaborateurs à travers l’Afrique et au-delà, y compris le projet AFROSCREEN, qui travaillent en étroite collaboration avec Africa CDC et PGI pour s’assurer que les capacités de NGS et d’analyse sont développées dans le continent.

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  • la présentation du Dr Mboowa :
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